在处理交通事故中，当肇事司机并非车主时，赔偿责任的确定确实是一个相对复杂的问题，需要综合考虑多个因素。以下是对此问题的详细解答：
一、责任主体认定
一般原则：
- 赔偿责任主体通常依据“运行支配”和“运行利益”两个标准来确定。即，谁对车辆的运行具有支配和控制权利，以及谁从车辆运行中获利，谁就可能需要承担赔偿责任。
具体情形分析：
- 租赁、借用等情形：如果车主将车辆租赁或借给他人使用，且发生交通事故时属于机动车一方责任，那么通常由机动车使用人（即肇事司机）承担赔偿责任。但如果车主在出借过程中存在过错，如明知车辆有故障仍出借，那么车主也需承担相应责任。
- 车辆被盗抢：如果车辆被盗抢后发生交通事故，那么由盗窃人、抢劫人或抢夺人承担责任。如果与机动车使用人不是同一人，则两者承担连带责任。
- 未经允许驾驶：如果未经车主允许，他人擅自驾驶车辆发生事故，那么由机动车使用人承担责任。但如果车主在车辆保管上存在过错，如未妥善保管车辆钥匙，那么车主也需承担相应责任。
- 转让拼装或报废车辆：如果车主转让拼装或报废车辆，且该车辆发生事故，那么转让人和受让人需承担连带责任。
特殊情况：
- 雇佣关系：如果肇事司机与车主为雇佣关系，且事故发生在雇佣活动期间，那么车主通常需承担赔偿责任。但如果司机存在故意或重大过失，那么车主和司机需承担连带责任，车主在承担赔偿责任后可以向司机追偿。
二、事故处理流程与赔偿原则
事故处理流程：
- 发生事故后，首先确保人员安全，并及时报警。等待交警勘查现场并出具交通事故责任认定书。
- 通过拍照、录像等方式记录事故现场，以备后续处理。
- 及时联系车辆保险公司，向其报案并申请理赔。
赔偿原则：
- 保险赔偿顺序：如果车辆购买了交强险和商业险，且事故发生在保险期内，那么首先由保险公司进行赔偿。交强险负责赔偿受害人的基本损失，如医疗费用、残疾赔偿金等；商业险则根据合同约定赔偿更广泛的损失，如财产损失等。
- 不足部分赔偿：如果保险赔偿不足，那么剩余部分由肇事司机和（或）车主按责任比例承担。这可能需要通过协商、调解或诉讼等方式解决。
三、实例分析与建议
实例分析：
假设甲将自己的车借给有合法驾驶资格且无不适宜驾车情况的乙，乙在驾驶过程中发生交通事故并承担主要责任。此时，应由乙对事故造成的损失进行赔偿。如果车辆购买了保险，那么首先由保险公司进行赔偿；如果保险赔偿不足，剩余部分由乙承担。如果甲明知乙饮酒仍借车，且乙因此发生事故，那么甲也需根据过错程度承担相应赔偿责任。
建议：
- 对于车主而言，在出借车辆时应确保借车人具有合法驾驶资格且车辆符合安全运行条件。同时，应妥善保管车辆钥匙，防止未经允许驾驶的情况发生。
- 对于肇事司机而言，应遵守交通规则，安全驾驶。如果发生事故，应积极配合处理，并承担相应的赔偿责任。
- 对于受害人而言，应及时报警并保留好相关证据，以便后续处理。如果无法就赔偿问题达成一致，可以通过法律途径维护自己的权益。
综上所述，在处理交通事故中司机非车主的赔偿问题时，应综合考虑事故责任、保险情况、车主是否存在过错以及法律规定的赔偿顺序和方式。建议相关责任人及时咨询专业律师或法律顾问，以确保自身权益得到充分保护，并依法履行赔偿责任。