关于工程款结算单只签字不盖章的问题，这确实是一个涉及法律效力与实际操作风险的重要议题。以下是我为您提供的详细解答：

一、法律效力分析

1. 法律规定： 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同书形式订立的合同，在当事人均签名、盖章或者按指印时成立。这意味着，签字、盖章或按指印均可作为合同成立的有效方式，并未强制要求必须同时具备。因此，从法律层面讲，工程款结算单只签字不盖章，在特定情况下是可以具有法律效力的。

2. 盖章的法律意义： 盖章行为代表了公司的意思表示，是公司法人意志的体现。在商业活动中，盖章被广泛接受为确认文件内容有效性的方式。然而，这并不意味着签字就不具有同等效力。签字同样能够表明个人或公司对文件内容的认可和同意。

二、实际操作与风险防控

1. 双方约定： 尽管法律未强制要求签字和盖章同时具备，但双方当事人在特定情境下可能有特别的约定。例如，合同中可能明确规定结算单必须同时具备签字和盖章才生效。在这种情况下，仅签字不盖章将可能导致结算单不具有法律效力。因此，在处理具体案件时，应仔细审查双方当事人的约定。

2. 风险防控： 从实际操作和风险防控的角度出发，建议双方当事人在可能的情况下尽量同时签字和盖章。这样做不仅有助于明确双方对结算结果的认可和同意，还能在发生纠纷时提供更充分的证据支持。如果因特殊情况不能及时盖章，也应确保保留好相关证据，如双方沟通记录、邮件确认等，以证明双方已经以实际行动认可了结算单的内容。

3. 印章选择： 如果决定盖章，应优先选择公司的公章或合同专用章，以确保法律效力。项目章虽然可能在某些特定情况下被接受，但其法律效力通常低于公章或合同专用章，且可能带来法律风险和实际操作上的麻烦。

三、综合建议

1. 明确约定： 在签订合同时，双方应明确约定工程款结算单的生效条件，包括是否需要签字、盖章或同时具备两者。这有助于避免后续纠纷和误解。

2. 谨慎操作： 在处理工程款结算单时，应谨慎操作，确保所有步骤都符合法律法规和双方约定。如果可能的话，尽量同时采取签字和盖章的方式确认结算单的有效性。

3. 保留证据： 无论选择签字还是盖章，都应保留好相关证据，以证明双方对结算结果的认可和同意。这有助于在发生纠纷时维护自己的合法权益。

综上所述，工程款结算单只签字不盖章在法律上可能是有效的，但具体效力还需结合双方当事人的特别约定以及实际情况来判断。为确保双方权益和避免潜在纠纷，建议在条件允许的情况下同时采取签字和盖章的方式确认结算单的有效性。