公司与公司之间的往来款是否合法，需根据具体情况来判断，但总体来说，在符合相关法律法规和监管要求的前提下，公司间的往来款是合法的。以下从不同角度为您详细分析：

一、合法往来款的情况

1. 基于真实交易的资金往来

   • 解释：如果公司之间的往来款是基于真实的交易活动，如提供原材料、产品或服务，并按照合同约定进行货款支付、服务费用结算等，这种资金往来属于正常的商业交易行为，是合法合规的。
   • 例子：A公司向B公司购买原材料，按照合同约定支付货款，这种资金往来就是合法的。

2. 合理的资金拆借或借款

   • 解释：公司之间出于企业整体运营和发展需要，进行资金拆借或借款等活动，只要符合相关法律法规和公司章程的规定，并签订规范的借款合同，明确借款金额、用途、期限、利率等条款，也是合法的。
   • 法律依据：根据《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》，法人之间、非法人组织之间以及它们相互之间为生产、经营需要订立的民间借贷合同，除存在《民法典》规定的无效情形外，人民法院应予支持。
   • 例子：C公司因资金周转需要，向D公司借款，双方签订了借款合同，并约定了合理的利率和还款期限，这种资金往来就是合法的。

3. 符合财务和税务规定的资金往来

   • 解释：公司之间的资金往来需遵循会计准则，准确记录和披露，并按照税法规定进行税务处理，缴纳相关税费。例如，企业集团内单位之间的资金无偿借贷行为在一定期限内免征增值税，但需确保企业所得税等税费的合规缴纳。
   • 例子：E公司和F公司属于同一企业集团，E公司向F公司提供无偿借贷，双方按照税法规定进行了税务处理，这种资金往来就是合法的。

二、可能违法的往来款情况

1. 操纵财务报表

   • 解释：通过虚构资金往来、不合理的交易安排等手段调整利润、粉饰财务报表，以误导投资者、债权人等利益相关者，这种行为违反了相关法律法规对财务信息真实性的要求。
   • 后果：可能面临行政处罚，甚至刑事责任。

2. 非法转移资产

   • 解释：公司之间恶意串通，利用资金往来的形式将公司资产非法转移，损害公司、股东或债权人的利益，这种行为可能构成侵权或犯罪。
   • 后果：相关责任人可能面临民事赔偿、行政处罚甚至刑事责任。

3. 逃避税收

   • 解释：通过不合理的定价、虚假交易等资金往来方式人为调节利润，以达到逃避纳税义务的目的，这种行为违反了税收法律法规。
   • 后果：税务机关将进行查处，要求补缴税款、滞纳金，并可能处以罚款。

4. 违反金融秩序或监管要求

   • 解释：公司之间的借款不能扰乱金融秩序，不得违反国家规定办理借贷或变相借贷融资业务。例如，不能以借贷名义向社会公众发放贷款。此外，某些借贷行为可能需要履行特定的审批程序或备案手续，未按相关规定执行的也可能构成违法。
   • 后果：可能面临行政处罚，甚至刑事责任。

三、建议与注意事项

1. 完善内部管理制度

   • 建议：公司应建立健全内部管理制度，明确关联交易的审批流程、信息披露要求及违规责任等，确保资金往来的合法性和合规性。

2. 签订规范的合同

   • 建议：无论是基于真实交易的资金往来还是资金拆借或借款，都应签订规范的合同，明确双方的权利和义务，避免日后产生纠纷。

3. 保留相关证据

   • 建议：在进行资金往来时，应妥善保留借款合同、转账记录等相关证据，以备不时之需。

4. 加强法律与税务培训

   • 建议：公司应定期对相关人员进行法律和税务培训，提高其对资金往来合法性及税务合规性的认识和操作能力。

总结来说，公司之间的往来款在符合相关法律法规和监管要求的前提下是合法的。但为了避免潜在的法律风险和财务风险，公司应加强内部管理、签订规范的合同、保留相关证据并加强法律与税务培训。如果您在公司法务方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。