结论前置：公司之间借款在符合相关法律法规、借款合同依法订立、借款用途合法且不存在无效情形的前提下是合法的。以下从多个角度进行详细分析：
一、合法性基础与条件
法律依据：
- 根据《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》第一条，民间借贷包括法人之间、非法人组织之间以及它们相互之间为生产、经营需要订立的民间借贷合同。因此，公司之间的借款属于民间借贷的范畴，受法律保护。
合法条件：
- 借款合同依法订立：借款合同必须体现双方真实意思，且无违反法律、行政法规强制性规定的情形。合同应明确约定借款种类、币种、用途、数额、利率、期限和还款方式等条款。
- 借款用途合法：借款应专用于公司的生产、经营活动，不得用于非法或违规目的。例如，不得将借款用于赌博、贩毒等违法活动。
- 不存在无效情形：借款合同需避免《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》第十三条所列举的无效情形，如套取金融机构贷款转贷、以向其他营利法人借贷或向本单位职工集资等方式取得的资金转贷等。
二、合法情况下的公司间借款
正常的企业间资金拆借：
- 情形描述：企业因生产经营需要，临时进行资金拆借。例如，A公司因采购原材料资金短缺，向B公司借款，并约定合理的借款期限和利息。
- 法律分析：此行为符合法律法规，属于合法的企业间资金拆借。只要借款合同依法订立，借款用途合法，且不存在无效情形，该借款行为即为合法。
集团公司内部的资金调配：
- 情形描述：集团公司为了优化资源配置，在集团内部子公司之间进行资金调配。例如，C子公司因项目投资需要资金，向D子公司借款。
- 法律分析：基于集团公司的内部管理和战略安排，只要符合相关法律法规和集团规定，且不损害其他股东或债权人利益，此行为合法有效。集团公司内部的资金调配通常被视为一种合法的资金运作方式。
三、违法情况下的公司间借款及法律后果
违反金融监管规定的借贷：
- 情形描述：企业未经金融监管部门批准，擅自从事经常性的贷款业务。例如，E公司以赚取利息差为主要目的，频繁向其他企业出借资金。
- 法律后果：此行为可能涉嫌非法经营等违法犯罪活动，受到法律的制裁。根据相关法律法规，未经金融监管部门批准，企业不得从事贷款业务。否则，将面临罚款、没收违法所得等行政处罚，甚至可能构成犯罪，受到刑事处罚。
借款合同无效的情形：
- 情形描述：借款合同存在《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》第十三条所列举的无效情形，如套取金融机构贷款转贷、以向其他营利法人借贷或向本单位职工集资等方式取得的资金转贷等。
- 法律后果：借款合同无效后，根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，因该合同取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方由此所受到的损失；各方都有过错的，应当各自承担相应的责任。
四、税务处理与注意事项
税务处理：
- 依据《中华人民共和国税收征收管理法》第三十六条，企业与其关联企业之间的业务往来应遵循独立交易原则。若借贷双方存在关联关系，税务机关有权核定其利息收入并缴纳相应的营业税和企业所得税。
注意事项：
- 利率约定：虽然法律法规未对公司间借贷利率作出明确限制，但应参照民间借贷的相关规定，避免过高利率可能引发的法律风险。过高的利率可能被认定为高利贷，从而受到法律制裁。
- 内部决策程序：公司对外借款需遵循《中华人民共和国公司法》及公司章程的规定，通常需由董事会或股东会、股东大会进行决议，以确保决策的合法性和合规性。
- 合同订立与履行：应签订书面借款合同，明确关键条款，并确保合同依法成立并生效。在合同履行过程中，应严格按照合同约定履行义务，避免违约行为的发生。
总结与建议：公司之间借款在符合相关法律法规、借款合同依法订立、借款用途合法且不存在无效情形的前提下是合法的。然而，在实际操作中，公司应谨慎对待借款行为，确保所有环节的合规性。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。