结论：员工贷款逾期，一般情况下公司不能直接因此辞退员工。但若存在特定情况，如员工贷款逾期行为违反公司规章制度、存在利益冲突或不当行为，或者员工因贷款逾期被依法追究刑事责任，公司则可能拥有辞退员工的权利。
法律分析：
一般情况下的保护：
- 员工贷款逾期主要属于个人经济问题，通常不会直接影响其工作表现、工作能力以及履行工作职责。
- 根据劳动法的相关规定，公司不能仅因员工贷款逾期就直接辞退员工。这样的辞退行为可能构成违法解除劳动合同，员工有权要求公司支付赔偿金。赔偿金计算标准通常为经济补偿标准的二倍，具体按劳动者在本单位工作的年限计算，每满一年支付两个月工资。
特殊情况下的合法性：
- 违反公司规章制度：如果公司规章制度中明确规定，员工贷款严重逾期并影响公司声誉、形象或正常运营秩序等情况可导致解雇，且该规章制度已经过民主程序制定并向员工公示告知，那么公司依据此规定辞退员工可能被认定为合法。
- 存在利益冲突或不当行为：如果员工贷款逾期背后涉及利用公司资源或职务便利获取贷款且逾期不还等违反职业道德、损害公司利益的行为，公司可以基于这些事由合法辞退员工。
- 被依法追究刑事责任：根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条第六项规定，劳动者被依法追究刑事责任的，用人单位可以解除劳动合同。如果员工因贷款逾期行为被依法追究刑事责任（如贷款诈骗等），公司则有权解除与员工的劳动合同。
劳动合同与公司规章制度的考量：
- 劳动合同是确定员工与公司劳动关系的基础文件。如果合同中明确规定了贷款逾期可以作为解雇的理由，并且这一规定不违反相关法律法规，公司有权依此辞退员工。但实践中，此类条款并不常见。
- 公司规章制度也是管理员工行为的重要依据。若规章制度中有相关规定，并且已经过合法程序制定且向员工公示，公司也可以依据这些制度来辞退员工。同样，这样的规定也不常见，且必须确保内容合法、合理。
实际应用建议：
对于公司而言：
- 在制定规章制度或劳动合同时，应确保内容合法、合理，并遵循公平原则。避免设置过于苛刻或不合法的解雇条款。
- 在处理员工贷款逾期问题时，公司应综合考虑员工的具体行为、对公司的影响以及法律法规的要求。避免违法解雇行为的发生，以免面临支付赔偿金的风险。
- 如果公司决定辞退员工，应确保有充分的法律依据和事实支持，并按照法定程序进行操作。
对于员工而言：
- 应尽量按时偿还贷款，避免逾期产生的不良后果。如果确实遇到还款困难，应及时与贷款机构沟通协商解决方案。
- 若遭遇因贷款逾期而被非法解雇的情况，应及时向我咨询或寻求其他法律援助，维护自己的合法权益。可以通过向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等方式来维权。
法律依据：
- 《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条：劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：（六）被依法追究刑事责任的。
- 《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条、第八十七条：关于经济补偿和赔偿金的规定。
- 《中华人民共和国劳动合同法实施条例》等相关法律法规中关于劳动合同解除和赔偿的规定。