企业使用地下水是否合法，这主要取决于是否遵循了国家的取水许可制度和水资源有偿使用制度。

首先，我们要明确的是，地下水资源属于国家所有，任何单位和个人在取用地下水时，都必须依法获得取水许可，并按照许可的条件和范围进行取水。这是保护地下水资源、维护水资源统一调度和规范管理秩序的重要措施。

从您提供的案例中，我们可以看到两种不同的情况：

1. 超许可额度取水：如儋州的那家橡胶企业，虽然依法取得了地下水取水许可资质，但实际取水量超过了核定的年度许可取水量。这种行为属于未依照批准的取水许可规定条件取水，是违法的。该企业因此受到了立案调查，并将依法依规受到处置。

2. 未经批准擅自取水：如甘井子辖区的那家公司，未经批准擅自打井取用地下水，用于员工生活用水。这种行为同样违反了《中华人民共和国水法》的相关规定。虽然在该案例中，由于取水量较小，根据相关规定不予行政处罚，但该公司仍需缴纳水资源费，并立即停止违法取水行为。

基于以上分析，我们可以得出以下结论：

• 企业使用地下水，必须依法获得取水许可，并按照许可的条件和范围进行取水。
• 如果企业未经批准擅自取水，或者取水量超过了许可额度，都是违法的，将受到法律的制裁。
• 企业应该加强水资源管理意识，了解并遵守国家的水资源管理法律法规，确保合法合规使用地下水资源。

因此，对于您的问题“企业用地下水合法吗”，答案是：如果企业依法获得取水许可，并按照许可的条件和范围进行取水，那么是合法的；否则，就是违法的。希望这个解答能够帮助您更好地理解企业使用地下水的合法性问题。