在招投标质疑期过后发现实质性证据，这是一个比较复杂且需要谨慎处理的问题。首先，我们要明确一点：尽管质疑期已过，但新发现的实质性证据仍然可能对招投标结果产生影响，关键在于如何合法、合规地处理这些证据。

1. 分析证据的性质与影响：

   • 首先，你需要仔细分析这份实质性证据的性质，比如它是否直接关联到招投标的核心条款，是否足以改变原有的评标结果等。
   • 评估这份证据对招投标公正性、合法性以及各方利益的影响程度。

2. 与相关方沟通：

   • 在确定证据的重要性后，应及时与招标方、投标方以及可能受影响的其他相关方进行沟通，说明情况并听取他们的意见。
   • 尝试通过协商达成一个各方都能接受的解决方案，比如重新评标、解释证据对原结果无实质性影响等。

3. 考虑法律途径：

   • 如果沟通无果，或者你认为这份证据足以推翻原有的招投标结果，那么你可以考虑通过法律途径来解决问题。
   • 咨询专业律师（在这里就是我啦），了解具体的法律程序，比如提起行政诉讼或申请仲裁等，以维护你的合法权益。

4. 遵循法律法规与程序：

   • 在处理过程中，一定要严格遵守相关的法律法规和程序要求，确保每一步都合法合规。
   • 避免采取过激或不合法的手段，以免给自己带来不必要的法律风险。

5. 总结与反思：

   • 最后，无论结果如何，都应该对这次经历进行总结与反思，分析在招投标过程中是否存在漏洞或不足，以便在未来的招投标活动中更加谨慎和细致。

总之，招投标质疑期过后发现实质性证据是一个需要综合考虑多方面因素的问题。你应该根据具体情况，采取合适的方式进行处理，确保招投标活动的公正、合法和顺利进行。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。