当投标人对样品进行标后质疑时，处理过程需要遵循相关法律法规，并确保公平、公正、公开的原则。以下是对此类质疑处理流程的详细解答：

一、初步应对与异议提出

1. 接收质疑文件：

   • 招标人应首先接收投标人的质疑文件，并向其书面出具接收证明，或在投标人提供的回执上签字确认。
   • 确保质疑文件的内容完整、符合形式要求，并检查质疑是否在法定的质疑期内提出。

2. 详细阅读质疑内容：

   • 对质疑内容进行仔细研读，理解投标人的具体质疑点和诉求。

3. 异议提出：

   • 根据《中华人民共和国招标投标法实施条例》，投标人对招标文件、开标过程、评标结果或样品等有异议的，应当在规定的时限内向招标人提出。
   • 招标人应当自收到异议之日起3日内作出答复，并暂停招标投标活动，待异议解决后再继续进行。

二、内部调查与核实

1. 组建调查小组：

   • 由招标人、招标代理机构及相关专家（必要时）组成调查小组，对质疑内容进行全面调查。

2. 收集证据材料：

   • 全面收集与招标项目相关的文件资料，如招标文件、投标文件、评标报告、样品检测报告等。

3. 核实质疑内容：

   • 根据质疑内容，逐一核实相关事实，如样品的合规性、投标文件的真实性等。

三、沟通与协商

1. 与投标人沟通：

   • 及时与投标人进行沟通，了解其质疑的具体内容和诉求。
   • 表达招标人的立场和态度，争取通过友好协商解决质疑。

2. 形成书面协议：

   • 如能达成共识，可形成书面协议作为后续处理的依据。

四、处理决定与书面答复

1. 作出处理决定：

   • 若质疑不成立，及时作出维持原决定的决定，并清晰说明调查核实情况和理由。
   • 若质疑成立，根据影响程度采取相应措施：如要求投标人限期整改、取消中标资格、重新确定中标人或重新开展招标活动等。

2. 书面答复：

   • 在收到书面质疑后7个工作日内（或根据相关法律法规规定的时限内）作出书面答复。
   • 答复内容包括质疑事项、调查核实过程、处理决定及依据等。

五、应对法律纠纷

1. 投诉处理：

   • 如果投标人认为招标投标活动不符合法律、行政法规规定，或者对招标人的异议答复不满意，可以向有关行政监督部门投诉。
   • 行政监督部门将依法进行调查处理，并作出书面处理决定。

2. 法律手段：

   • 如无法协商解决或质疑涉及法律纠纷，投标人可以依法申请行政复议或向人民法院提起行政诉讼。
   • 招标人应积极配合相关部门或机构的调查，如实陈述事实，提供相关证据。

六、后续管理与总结

1. 接受监督检查：

   • 接受财政部门等监管部门的监督检查，如实提供相关资料和情况。

2. 总结经验教训：

   • 对质疑处理过程进行总结分析，查找招标投标活动中存在的问题和不足。
   • 完善招标文件、优化招标程序，避免类似质疑事件的再次发生。

综上所述，当投标人对样品进行标后质疑时，招标人应依法依规进行处理，通过仔细审查、内部调查、沟通与协商、作出处理决定并书面答复以及应对法律纠纷等步骤来解决问题。同时，也要注意总结经验教训，完善招标程序以避免类似问题的再次发生。