工厂扣押身份证是不合法的。以下从不同角度为你详细分析：

法律角度

根据《中华人民共和国居民身份证法》第十五条明确规定，除公安机关依照刑事诉讼法执行监视居住强制措施的情形外，任何组织或者个人不得扣押居民身份证。工厂作为用人单位，并不具备扣押员工身份证的法定权力。因此，工厂扣押员工身份证的行为，直接违反了这一法律规定。

员工权益角度

身份证是公民个人身份的重要证明文件，具有极高的私密性和安全性要求。工厂扣押员工身份证，不仅限制了员工对身份证的正常使用，如办理银行业务、乘坐交通工具等，还可能对员工的个人信息安全构成威胁。此外，这种行为也侵犯了员工的人身自由权，因为身份证的扣押可能间接限制了员工的行动自由。

法律后果角度

如果工厂扣押了员工的身份证，员工有权向当地公安机关报案，公安机关将依法对工厂进行处罚，包括但不限于警告、罚款等。同时，员工还可以依据《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律规定，向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求工厂返还身份证并赔偿因此造成的损失。

实际操作建议

1. 与工厂协商：首先，你可以尝试与工厂进行友好协商，明确告知工厂扣押身份证的行为是违法的，并要求工厂立即返还身份证。
2. 向相关部门投诉：如果协商无果，你可以向当地劳动监察部门投诉工厂的违法行为，劳动监察部门将依法进行调查处理。
3. 申请劳动仲裁或提起诉讼：如果工厂的行为给你造成了实际损失，你还可以考虑申请劳动仲裁或向人民法院提起诉讼，要求工厂承担相应的法律责任。

总之，工厂扣押员工身份证的行为是违法的，员工有权维护自己的合法权益。如果你遇到了类似的情况，不要犹豫，及时采取行动保护自己的权益。如果你还有其他关于劳动工伤或劳动仲裁方面的问题，也可以直接向我咨询。