员工为公司垫付费用后，可通过以下方式主张权利，具体需结合实际情况选择适用路径：

1. 协商解决（优先推荐）
   直接与公司协商报销垫付款项，需注意保留书面证据（如垫付凭证、审批记录、沟通记录等）。若公司认可但拖延支付，可要求出具书面还款承诺，明确还款期限及违约责任。

2. 劳动仲裁（若属劳动报酬范畴）
   若垫付费用属于因履行职务产生的必要支出（如差旅费、采购款等），且公司未按内部财务制度报销，可申请劳动仲裁主张权利。

   • 关键证据：劳动合同、费用支出凭证（发票、收据等）、公司审批流程记录、同事证言等。
     
   • 法律依据：根据《劳动合同法》第三十条，用人单位应及时足额支付劳动报酬（含报销款项）。

3. 民事诉讼（若属普通债权债务）
   若垫付费用超出劳动关系范畴（如员工代公司支付第三方款项且无明确报销约定），可按普通民事纠纷起诉公司返还。

   • 关键证据：垫付协议、转账记录、公司确认函、催款记录等。
     
   • 法律依据：根据《民法典》第九百八十五条（不当得利返还）或第五百七十九条（债务履行请求权）。

4. 特殊情形处理

   • 公司拒不认可费用：需证明费用支出与公司业务直接相关（如采购合同、业务往来记录）。
     
   • 公司已注销/破产：及时申报债权，参与破产清算程序。
     
   • 费用涉及灰色支出：若垫付费用本身违法（如行贿款项），可能无法通过法律途径主张。

操作建议：

1. 优先通过书面形式（邮件、微信等）与公司沟通，固定证据；
   
2. 若协商无果，根据费用性质选择劳动仲裁或民事诉讼；
   
3. 诉讼时效为3年，自知道权利受损之日起计算，建议及时主张。
   

如有具体证据或细节需要分析，可直接向我提供材料，我会进一步为您梳理法律风险及应对方案。