结论前置：公司并非在所有情况下都有权利扣除员工工资，其扣薪行为需严格遵循法律法规，并基于合法、合理的事由。以下是对此问题的详细分析：
一、公司有权扣除工资的法定情形
代扣代缴个人所得税：
- 根据《中华人民共和国个人所得税法》规定，公司有义务代扣代缴员工的个人所得税。例如，若员工月薪10,000元，需缴纳个税部分由公司直接从工资中扣除并上缴税务部门。
代扣代缴社会保险费用：
- 包括养老保险、医疗保险、失业保险等，这是公司的法定义务。例如，员工月薪10,000元，社保个人部分800元、公积金个人部分500元，公司可依法扣除。
法院判决或裁定要求代扣的抚养费、赡养费等：
- 在特定法律程序中，公司可能需要根据判决结果代扣相关费用。
因劳动者原因给用人单位造成经济损失的赔偿：
- 若员工因故意或重大过失给公司造成损失，公司可依法要求赔偿。但每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。例如，员工违规操作导致机器损坏，公司可按规定从其工资中扣除部分用于赔偿。
违反公司规章制度或劳动合同的违约金（如服务期约定、竞业限制）：
- 需符合法律规定的条件，如提前解除劳动合同的服务期违约金、违反竞业限制的违约金等。
事假期间未提供劳动的无薪处理：
- 员工请事假期间，公司可不支付工资。例如，月薪6,000元员工请假5天（按22天计薪），每日工资约272.73元，可扣除1,363.65元。
绩效挂钩的工资调整：
- 若劳动合同明确约定绩效工资与考核结果挂钩，公司可根据考核结果进行相应扣减。但需确保考核制度合法、合理，且扣减后工资不低于最低工资标准。
二、公司无权扣除工资的情形
迟到、早退罚款：
- 除非劳动合同或规章制度有明确约定且程序合法，否则公司不得以迟到、早退为由直接罚款。但可通过合法制度规定旷工、严重失职等行为导致工资减少（如旷工一天扣发当日工资）。
旷工一天罚三天工资：
- 此类惩罚性扣款通常缺乏法律依据，旷工期间的工资可按无薪处理，但额外罚款无效。
强制乐捐等变相罚款：
未完成工作任务的全额扣薪：
- 除非劳动合同明确约定任务完成与工资全额挂钩，否则公司不得以此为由全额扣发工资。
怀孕女职工产检时间扣薪：
以实物代替货币工资：
员工辞职扣工资：
三、公司违法扣薪的法律后果
行政责任：
- 劳动行政部门可责令限期支付差额，逾期加付赔偿金（应付金额50%-100%）。
民事责任：
- 员工可通过劳动仲裁或诉讼主张补发工资及经济补偿金。例如，被非法扣除2,000元工资，员工可索赔差额及相应赔偿金。
刑事责任：
- 恶意欠薪数额较大或持续时间较长的，可能被追究刑事责任，构成拒不支付劳动报酬罪。
四、员工权益保护建议
了解公司规章制度：
- 员工应仔细阅读并了解公司的规章制度，特别是关于工资扣除的部分，确保自己的权益不受侵害。
保留证据材料：
- 妥善保存工资条、考勤记录、劳动合同等证据材料，以便在发生争议时举证。
及时沟通协商：
- 若对公司扣薪行为有异议，应及时与公司管理层或人力资源部门沟通协商，寻求解决方案。
寻求法律援助：
- 若协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，必要时可向人民法院提起诉讼以维护自己的合法权益。
综上所述，公司在扣减员工工资时必须遵守相关法律法规和劳动合同的约定，确保扣减行为的合法性和合理性。员工也应了解自己的权益和维权途径，以便在面临公司扣工资行为时能够有效维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。