村书记收取5000元可能涉及违纪或违法行为，需根据具体情形采取不同处理方式，以下分情况说明：

1. 若该款项属于村集体财产或公共资金
   村书记作为基层自治组织负责人，对集体财产负有管理职责。若其私自收取、截留或挪用5000元，可能涉嫌违反《村民委员会组织法》第三十条（财务公开制度）及《刑法》第二百七十二条（挪用资金罪，若数额较大且未归还）。
   处理建议：

   • 立即向乡镇政府或县级纪检监察部门举报，要求调查资金去向；
     
   • 收集相关证据（如收据、转账记录、证人证言）；
     
   • 若涉及刑事犯罪，可同步向公安机关报案。

2. 若该款项属于个人贿赂或利益输送
   若村书记以职权为交换条件收取5000元（如为他人谋取工程承包、低保名额等），可能构成《刑法》第三百八十五条规定的受贿罪（非国家工作人员受贿罪，若村书记不属于国家工作人员）或第三百八十二条（贪污罪，若涉及侵吞公共财物）。
   处理建议：

   • 向县级检察院或纪委监委实名举报，提供详细线索（如行贿时间、地点、事由）；
     
   • 配合调查时如实陈述事实，避免毁灭证据或串供；
     
   • 若自身权益受损（如因行贿导致利益受损），可单独提起民事诉讼要求赔偿。

3. 若该款项属于合法收入但未履行公示义务
   若村书记收取的是合理报酬（如加班补贴、项目奖励），但未按照《村民委员会组织法》第二十四条要求经村民会议讨论决定并公示，则属于程序违法。
   处理建议：

   • 要求村书记在村民会议或公告栏公开资金用途及审批流程；
     
   • 向乡镇政府申请行政监督，责令其限期整改；
     
   • 若整改未果，可联名其他村民提起行政诉讼。

补充说明：

• 5000元虽未达到部分罪名（如贪污罪、受贿罪）的“数额较大”标准（通常为3万元以上），但若存在多次索贿、造成重大损失或恶劣社会影响等情节，仍可能被追究刑事责任；
  
• 举报时需注意保护自身安全，避免打击报复，可要求纪检监察部门对举报人信息保密。
  

如有进一步证据或细节需要分析，可直接向我说明具体情况。