结论：在主合同约定法院管辖而从合同约定仲裁的情况下，仲裁条款的效力通常独立于主合同，但具体处理需结合合同内容、交易习惯及法律规定综合判断。以下从不同角度详细分析：

1. 仲裁条款的独立性原则

根据《中华人民共和国仲裁法》第16条、第19条，仲裁协议（条款）具有独立性，其效力不受主合同变更、解除、终止或无效的影响。因此：

• 若从合同中的仲裁条款合法有效（如明确仲裁机构、仲裁事项、双方合意），即使主合同约定法院管辖，从合同的争议仍应通过仲裁解决。
• 例外情形：若从合同本身是主合同的从属条款（如补充协议），且双方明确约定“从合同争议解决方式以主合同为准”，则可能被认定为仲裁条款无效，需按主合同约定由法院管辖。

2. 合同关系与争议解决方式的关联性

需结合主从合同的具体内容判断：

• 主从合同内容高度关联（如主合同为借款合同，从合同为担保合同）：
  • 若担保合同（从合同）约定仲裁，而主合同约定诉讼，实践中可能因担保纠纷与主债权纠纷不可分，导致仲裁机构或法院以“不便审理”为由拒绝受理，要求当事人统一争议解决方式。
  • 建议：在签订主从合同时，尽量保持争议解决方式一致，避免程序冲突。
• 主从合同内容相对独立（如主合同为买卖合同，从合同为物流服务合同）：
  • 从合同的仲裁条款通常有效，争议可单独通过仲裁解决，不受主合同诉讼条款影响。

3. 司法实践中的处理规则

• 多数观点：仲裁条款的独立性是原则，法院会尊重当事人对从合同争议解决方式的选择。例如，最高人民法院在（2019）最高法民辖终464号案中明确，从合同中的仲裁条款不受主合同诉讼条款影响。
• 少数情形：若从合同未明确约定仲裁事项（如仅写“仲裁”未指定机构），或仲裁条款存在欺诈、胁迫等无效情形，法院可能认定仲裁条款无效，转由法院管辖。

4. 实务建议

• 签订合同时：
  1. 明确主从合同的争议解决方式是否一致；
  2. 若需不同方式，建议在从合同中增加条款，如“本合同争议解决方式独立于主合同，不受主合同条款影响”。
• 发生争议时：
  1. 若对方依据从合同仲裁条款申请仲裁，可主张仲裁条款无效（如未指定机构、非真实意思表示）；
  2. 若对方依据主合同起诉，可主张从合同争议应按仲裁条款处理，并提交仲裁协议作为证据。

总结：主从合同争议解决方式不一致时，仲裁条款的效力需结合合同内容、交易目的及法律规定综合判断。为避免风险，建议在合同起草阶段明确约定，并在争议发生时及时咨询专业律师分析具体条款效力。如有进一步疑问，可直接向我咨询合同纠纷相关问题。