公司反仲裁员工，通常基于以下几种理由：

1. 员工违反公司规章制度：

   • 公司可能会主张员工违反了其内部制定的规章制度，如迟到早退、旷工、违反工作纪律、泄露公司机密等。这些行为如果确实存在，并且规章制度本身合法有效，公司可能会以此作为反仲裁的理由，要求员工承担相应的责任或拒绝支付某些费用。

2. 员工未履行合同义务：

   • 如果员工与公司之间签订了劳动合同或其他协议，公司可能会主张员工未按照合同约定履行其义务，如未完成工作任务、未达到工作标准、未遵守保密协议等。在这种情况下，公司可能会要求员工赔偿因其未履行合同义务而给公司造成的损失。

3. 员工存在过错导致公司损失：

   • 如果员工在工作过程中因故意或重大过失导致公司遭受损失，公司可能会以此作为反仲裁的理由，要求员工承担赔偿责任。例如，员工在操作机器时违反安全规定导致设备损坏，或者员工在处理客户事务时因疏忽导致公司失去重要客户等。

4. 员工主张的权益缺乏依据：

   • 在劳动仲裁中，员工可能会主张某些权益，如加班费、年终奖、未休年假工资等。如果公司认为这些主张缺乏事实或法律依据，可能会提出反仲裁，要求驳回员工的仲裁请求。例如，公司可能主张员工并未加班，或者加班已经得到了相应的补偿；或者主张年终奖并非固定发放，而是根据公司的经营状况和员工的表现来决定的。

5. 员工存在欺诈、胁迫等行为：

   • 如果公司认为员工在签订劳动合同或履行合同过程中存在欺诈、胁迫等行为，导致公司遭受损失或签订了不公平的合同，公司可能会以此作为反仲裁的理由，要求撤销合同或要求员工承担相应的法律责任。

法律建议：

• 对于员工而言，在提起劳动仲裁前，应确保自己的主张有充分的事实和法律依据，并准备好相关的证据材料。同时，也要了解公司的规章制度和劳动合同内容，避免自己的行为违反公司规定或合同约定。
• 对于公司而言，在反仲裁员工时，应确保自己的主张有充分的事实和法律依据，并准备好相关的证据材料来支持自己的主张。同时，也要尊重员工的合法权益，避免滥用反仲裁权利来损害员工的利益。

可能后果：

• 如果公司的反仲裁理由成立，劳动仲裁委员会可能会驳回员工的仲裁请求，或者要求员工承担相应的法律责任。
• 如果公司的反仲裁理由不成立，劳动仲裁委员会可能会支持员工的仲裁请求，要求公司支付相应的费用或承担相应的责任。

在处理劳动仲裁和反仲裁问题时，建议双方都保持冷静和理性，通过合法途径来维护自己的权益。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。