在行政诉讼开庭时，若行政单位主要负责人不出庭，可按以下方式处理：

1. 法律后果与规定
   根据《中华人民共和国行政诉讼法》第三条第三款规定，被诉行政机关负责人应当出庭应诉。若负责人不能出庭，应当委托行政机关相应的工作人员出庭，且需向人民法院提交情况说明。若既未出庭也未委托工作人员出庭，法院有权记录在案并在裁判文书中载明，可能面临司法建议或上级行政机关的监督问责。

2. 原告的应对措施

   • 当庭提出异议：原告可在庭审中直接指出被告负责人未出庭的违法性，要求法院依法处理。
     
   • 申请法院记录：要求法院将负责人未出庭的情况写入庭审笔录或裁判文书，作为后续监督或申诉的依据。
     
   • 主张程序违法：若行政行为因程序违法被撤销或确认无效，负责人未出庭可能成为论证程序违法的辅助理由。

3. 法院的职权处理

   • 要求说明理由：法院可要求被告书面说明负责人未出庭的原因，并审查其合理性。
     
   • 直接裁判影响：虽负责人未出庭不直接导致行政行为被撤销，但若结合其他程序违法情形（如证据瑕疵、程序缺失），可能加重法院对行政行为合法性的负面评价。
     
   • 司法建议权：法院可向被告的上级机关或监察机关提出司法建议，督促其纠正违法行为。

4. 实务建议

   • 提前沟通：原告可在起诉前或立案后，通过律师函或书面申请要求被告负责人出庭，固定被告拒绝的证据。
     
   • 关注替代人员身份：若被告委托工作人员出庭，需核实其是否为“相应工作人员”（如具体承办人或法制机构人员），避免形式化应对。
     
   • 结合实体争议：将负责人未出庭作为论证被告对诉讼不重视、行政行为缺乏合法性审查的间接证据，强化己方主张。

总结：行政单位主要负责人未出庭虽不直接导致败诉，但违反法定程序义务，原告可通过提出异议、申请记录、主张程序违法等方式维护权益，同时法院有权通过记录、建议等方式监督行政机关依法应诉。若您遇到具体案件，可进一步提供细节，我将结合案情分析应对策略。