在辞退员工时，经济补偿的计算基数通常是员工的基本工资，而非净工资。不过，具体情形还需结合相关法律法规及实际情况来详细分析，以下为你展开介绍：

一、基本工资与净工资的定义及区别

1. 基本工资：是员工在正常工作时间内，按照劳动合同约定应获得的固定报酬，是员工劳动报酬的主要组成部分。
2. 净工资：则是员工实际到手的工资，它通常是在基本工资的基础上，扣除了社会保险、公积金、个人所得税等费用后的金额。

二、经济补偿的计算基数

根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，经济补偿的计算基数通常是员工在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。这里的“平均工资”一般指的是基本工资，但也可能包括奖金、津贴、补贴等固定性收入，具体取决于劳动合同的约定以及地方性法规的规定。不过，在大多数情况下，经济补偿的计算并不直接涉及净工资。

三、特殊情况下的经济补偿计算

1. 如果劳动合同中有明确约定：经济补偿的计算基数以劳动合同约定为准。如果劳动合同中明确约定了经济补偿的计算基数为基本工资，那么就按照基本工资来计算。
2. 如果地方性法规有特别规定：某些地区可能出台了地方性法规，对经济补偿的计算基数有特别规定。在这种情况下，需要遵循地方性法规的规定。
3. 如果员工工资结构复杂：对于工资结构较为复杂的员工，如包含大量奖金、提成等非固定性收入的情况，经济补偿的计算可能会更加复杂。此时，需要综合考虑员工的实际收入情况，以及劳动合同和地方性法规的规定，来确定经济补偿的计算基数。

四、实际操作中的建议

1. 查阅劳动合同：首先，应查阅劳动合同中关于经济补偿的约定，以确定计算基数。
2. 了解地方性法规：其次，应了解所在地区的地方性法规，以确定是否有特别规定。
3. 咨询专业律师：如果对于经济补偿的计算基数存在疑问或争议，建议咨询专业律师，以获取更准确的法律意见。

举例说明：假设某员工的月基本工资为8000元，此外每月还有2000元的奖金。在劳动合同解除时，如果按照基本工资计算经济补偿，那么该员工应获得的经济补偿将基于8000元来计算；而如果按照实际收入（包括奖金）来计算，且劳动合同和地方性法规均允许这样做，那么经济补偿的计算基数则可能是10000元。不过，在大多数情况下，经济补偿的计算更侧重于基本工资部分。

希望以上解答能够对你有所帮助。如果你还有其他关于劳动工伤或工资福利方面的问题，欢迎直接向我咨询。