针对您提出的“出让商业用地40年到期怎么办”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

一、核心结论

当商业用地的40年使用权到期后，若您希望继续使用该土地，应提前向相关部门提出续期申请。续期申请的处理结果将依据土地出让合同的约定以及政府的审批情况来确定。若续期申请未获批准，土地使用权将被国家无偿收回，但您作为土地上的房屋及其他不动产的所有者，可能会获得相应的补偿。

二、详细解析

1. 土地出让合同有约定的情况

   • 如果您的土地出让合同中明确约定了商业用地使用年限到期后土地上房屋及其他不动产的归属和处理方式，那么您应按照合同约定来执行。这通常意味着，在合同约定的条件下，您可能享有续期、补偿或其他特定权益。

2. 土地出让合同无约定的情况

   • 续期申请流程：

     • 提交申请：您需要在土地使用权到期前至少一年（具体时间可能因地区而异，建议提前咨询）向当地政府土地资源管理部门递交书面续期申请，并详细阐述续期理由和具体需求。
     • 材料准备：准备必要的文件，如原土地使用权证、土地使用合同、企业相关资质证明等，以证明您的土地使用情况和身份。
     • 审核评估：政府部门将对您的续期申请进行审核，并可能对土地进行重新评估，以确定新的土地出让金或租金标准。
     • 签订合同：一旦续期申请获得批准，您需要与土地资源管理部门重新签订土地使用权出让合同或补充协议，明确新的使用期限和相关条件。
     • 缴纳费用：根据新合同或协议的规定，按时足额缴纳土地出让金或相关税费。
     • 权证变更：完成上述步骤后，前往不动产登记机构办理土地使用权证的变更手续，以更新您的土地使用信息。

   • 续期申请结果：

     • 获批：如果您的续期申请获得批准，您将重新获得土地使用权，并可以按照新合同或协议的规定继续使用该土地。
     • 未获批：如果您的续期申请未获批准，土地使用权将由国家无偿收回。但根据相关法律法规，政府会对您土地上的房屋及其他不动产给予一定的补偿，以保障您的合法权益。

三、特别提示

• 在整个续期过程中，我建议您咨询专业律师或法律顾问的意见，以确保您的权益得到充分保护。他们可以帮助您理解相关法律法规、准备必要的文件、参与谈判和协商等。
• 如果因公共利益需要（如城市规划、基础设施建设等）政府未批准您的续期申请，虽然土地使用权被收回，但政府会依法给予您合理补偿。补偿金额通常会根据当时的市场情况和相关政策来确定。

综上所述，当商业用地的40年使用权到期后，您应根据土地出让合同的约定和政府审批结果来处理。通过遵循相关法律法规及流程，并咨询专业律师的意见，您可以确保自己的合法权益得到妥善保障。