结论：若医院因亲子鉴定结果已明确但拒绝开具出生证明，您可依据具体情况采取以下措施：首先明确医院拒绝的具体原因，再针对性地采取补充材料、沟通协商、行政投诉或法律诉讼等措施。

一、明确医院拒绝开具出生证明的具体原因

1. 材料不全或不符合要求：尽管您已持有亲子鉴定报告，但医院可能仍需要其他相关材料，如父母的身份证明、结婚证、住院病历等。请务必确认医院要求的具体材料清单，并尽快补齐。

2. 存在争议或特殊情况：若医院认为存在亲子关系争议（尽管已有亲子鉴定，但可能因鉴定程序、样本等问题存在争议）或婴儿出生状况特殊（如早产、低体重等），可能需要进一步的检查、鉴定或提供相关证明材料。

3. 医院内部规定或流程问题：有时医院可能因内部规定或流程问题而拒绝开具出生证明，如需要特定部门审批、等待特定时间等。这种情况下，您可以与医院相关部门沟通，了解具体流程和时间要求。

二、针对性采取措施

1. 补充材料并重新提交申请：

   • 根据医院要求，尽快补齐所有缺失或不符合要求的材料。
   • 确保所有材料的真实性和有效性，避免提供虚假信息。
   • 重新提交申请，并积极配合医院的审核工作。

2. 与医院沟通协商：

   • 若医院拒绝开具出生证明的原因存在争议或不明确，您可以与医院相关部门或负责人进行沟通协商。
   • 解释您的具体情况和需求，寻求医院的理解和支持。
   • 若沟通无果，可以要求医院出具书面拒绝理由，以便后续采取其他措施。

3. 向卫生健康行政部门投诉：

   • 若您认为医院拒绝开具出生证明的行为不合理或违反相关规定，可以向当地卫生健康行政部门投诉。
   • 投诉时，请提供详细的情况说明、相关证据材料以及医院的拒绝理由（如有）。
   • 卫生健康行政部门将对此进行调查，并根据调查结果给出处理意见。

4. 寻求法律救济：

   • 若经过上述努力仍无法获得出生证明，且您认为医院的决定侵犯了您的合法权益，可以考虑向人民法院提起诉讼。
   • 在提起诉讼前，请务必收集充分的证据材料，如亲子鉴定报告、医院拒绝开具出生证明的书面理由、与医院沟通协商的记录等。
   • 诉讼过程中，您需要明确诉讼请求、事实和理由，并积极配合法院的审理工作。

三、特殊情况下的处理建议

• 非婚生育情况：若您属于非婚生育，且医院因此拒绝开具出生证明，您需要提供亲子关系鉴定证明和必要的书面声明（如父母双方同意孩子落户的声明等）。这些材料有助于证明您与孩子的亲子关系，从而促使医院开具出生证明。

• 途中分娩情况：若孩子在途中分娩（如火车上、飞机上等），且医院因此拒绝开具出生证明，您需要收集旁证材料（如见证人证言、基层组织证明等）和医疗机构的健康评估报告（如有）。这些材料有助于证明孩子的出生情况和健康状况，从而促使医院开具出生证明。

四、后续行动建议

• 妥善保管出生证明：一旦获得出生证明，请务必妥善保管。出生证明是孩子落户、入学、出国等重要事项的必要凭证，丢失或损坏可能会给您带来不必要的麻烦。

• 了解相关法律法规：为了更好地维护自己和孩子的合法权益，建议您了解相关法律法规和政策规定。这有助于您在遇到问题时更加理性地应对和处理。

• 及时咨询专业人士：若您在处理过程中遇到任何疑问或困难，可以及时向我咨询。作为专业律师，我将根据您的具体情况提供有针对性的法律建议和帮助。