在企业改制过程中，职员出资自建房的处理方式需结合房屋产权归属、企业改制方案及地方政策综合判断。以下是具体分析：

1. 产权归属明确为职员个人所有
   若职员能提供完整出资证明（如购房合同、付款凭证、产权证书等），且房屋未占用企业国有资产或集体土地，则房屋产权应归职员个人所有。企业改制时，该房屋通常不纳入改制资产范围，职员可继续持有或依法处置。
   建议：职员应尽快办理不动产登记，明确产权归属，避免因改制导致权属争议。

2. 产权归属存在争议或涉及企业资产

   • 若房屋建在企业土地上：需区分土地性质。若为国有土地，需按《企业国有资产交易监督管理办法》处理；若为集体土地，需符合《土地管理法》中关于集体建设用地使用的规定。企业改制时，可能需通过资产评估、补偿安置等方式解决。
     
   • 若出资性质为“集资建房”：需审查集资协议、企业改制文件等，确认职员是否享有产权或仅享有使用权。若为使用权，企业改制后可能需与新主体重新签订协议或协商补偿。
     建议：职员可要求企业提供改制方案、资产清查报告等文件，必要时申请第三方评估或提起确权之诉。

3. 地方政策有特殊规定
   部分地区对企业改制中职工住房问题有专项政策（如房改房、经济适用房等）。例如，若房屋符合房改条件但未完成房改，企业改制时可能需补办手续或按政策折价补偿。
   建议：职员应查询当地住建部门、国资委发布的政策文件，或向改制工作组提出书面申请，要求依据政策处理。

4. 企业改制方案未明确处理方式
   若改制方案未涉及职工住房，职员可依据《劳动合同法》《民法典》中关于劳动权益和物权保护的规定，与企业协商或通过职工代表大会、工会等渠道主张权利。
   建议：职员可联合其他权益人共同与企业谈判，或向劳动仲裁机构申请仲裁，必要时提起诉讼。

行动建议：

• 第一步：收集所有与建房相关的文件（出资凭证、合同、产权证等）；
  
• 第二步：核对企业改制方案，确认是否涉及住房处理；
  
• 第三步：咨询当地国资委、住建部门或律师，明确政策依据和法律路径；
  
• 第四步：根据结果选择协商、仲裁或诉讼，优先通过协商解决以降低成本。
  

企业改制涉及复杂法律关系，建议根据具体情况制定方案。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。