在职务侵占罪案件中，公司通常不能直接通过刑事附带民事诉讼的方式要求赔偿被非法占有的财产本身，但可以就因犯罪行为导致的其他物质损失提起附带民事诉讼。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律规定层面
《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百零一条：
- 被害人由于被告人的犯罪行为而遭受物质损失的，在刑事诉讼过程中，有权提起附带民事诉讼。这一规定为职务侵占罪中的被害人（通常是公司）提供了提起附带民事诉讼的法律基础。
《最高人民法院关于适用<中华人民共和国刑事诉讼法>的解释》相关条款：
- 第一百七十五条第二款规定，因犯罪侵犯提起附带民事诉讼或单独提起民事诉讼要求赔偿精神损失的，人民法院一般不予受理。
- 第一百三十九条规定，被告人非法占有、处置被害人财产的，应当依法予以追缴或者责令退赔。被害人提起附带民事诉讼的，人民法院不予受理。追缴、退赔情况可作为量刑情节考虑。这表明，对于被非法占有的财产，公司应依赖司法机关的追缴和责令退赔机制，而非通过附带民事诉讼来要求赔偿。
《中华人民共和国刑法》第六十四条：
- 犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还。这一条款进一步强调了追缴和退赔的重要性。
二、法理分析层面
职务侵占罪的本质：
- 职务侵占罪是被告人非法占有、处置被害人（公司）财产的犯罪，其本质是将本单位财物非法占为己有。
追缴与退赔机制：
- 对于这种因犯罪行为导致的财产损失，司法机关会通过追缴或责令退赔的方式来解决。这种方式能够更为直接、高效地使被害人的财产权利得到救济，恢复到犯罪行为发生前的状态。
- 如果允许被害人通过附带民事诉讼程序来解决被非法占有的财产问题，可能会导致司法资源的浪费，并可能出现同案不同判等问题。
其他物质损失的赔偿：
- 如果职务侵占犯罪行为除了造成财产被非法占有、处置之外，还导致了其他物质损失（如因犯罪行为导致生产经营活动中断而产生的额外经济损失等），对于这部分损失，公司可以提起附带民事诉讼要求赔偿。
三、实际操作建议
及时报案并配合调查：
- 一旦发现职务侵占行为，公司应立即向公安机关报案，并积极配合调查，提供相关证据材料，以便司法机关及时追缴和退赔被非法占有的财产。
评估损失并准备证据：
- 公司应全面评估因职务侵占行为导致的物质损失，包括直接损失和间接损失（如可能的话）。同时，收集并整理相关证据材料，如财务报表、合同、发票等，以支持附带民事诉讼的提起（如果适用）。
咨询专业律师：
- 在处理职务侵占罪案件时，公司应咨询专业律师的意见，以确保自身权益得到有效维护。律师可以根据案件的具体情况，为公司提供法律建议和指导，帮助公司制定合适的诉讼策略。
总结来说，在职务侵占罪案件中，公司应主要依赖司法机关的追缴和责令退赔机制来挽回被非法占有的财产。对于因犯罪行为导致的其他物质损失，如果符合附带民事诉讼的提起条件，公司可以提起附带民事诉讼要求赔偿。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。