是的，赔偿义务机关对其主张举证不能时，通常要承担败诉的不利后果。以下从几个角度进行详细分析：
一、举证责任的基本原则
在民事诉讼和行政诉讼中，举证责任是一个核心概念。它指的是当事人对自己提出的主张，有责任提供证据加以证明。如果当事人无法提供足够的证据来支持其主张，那么该主张可能不会被法院采纳，从而导致败诉。这一原则同样适用于赔偿义务机关在赔偿案件中的举证责任。
二、赔偿义务机关的举证责任
在赔偿案件中，赔偿义务机关作为被告，通常需要对其抗辩主张或反驳原告的主张承担举证责任。这包括证明其行为合法、合理，以及不存在过错或违法行为等。如果赔偿义务机关无法提供充分的证据来支持其主张，那么法院可能会认定其主张不成立，从而判决其承担赔偿责任。
三、举证不能的法律后果
败诉风险：当赔偿义务机关无法提供足够证据来支持其主张时，法院可能会根据现有证据和法律规定，判决赔偿义务机关承担赔偿责任。这意味着赔偿义务机关需要支付相应的赔偿金，并可能承担其他法律责任。
信誉损失：除了经济上的损失外，举证不能还可能导致赔偿义务机关的信誉受损。这可能会影响其未来的业务发展和合作关系。
四、实际案例与法律解释
在实际案例中，法院通常会根据双方提供的证据和法律规定来综合判断。如果赔偿义务机关无法提供充分证据来证明其主张，而原告能够提供相反证据或法院能够依据其他证据推断出赔偿义务机关存在过错或违法行为，那么法院很可能会判决赔偿义务机关承担赔偿责任。
五、建议与措施
加强证据收集与保存：赔偿义务机关在处理相关事务时，应注重证据的收集和保存工作。这包括保存相关文件、记录、照片、视频等证据材料，以便在需要时能够提供充分的证据来支持其主张。
寻求专业法律帮助：在面临赔偿诉讼时，赔偿义务机关可以寻求专业律师的帮助。律师可以协助赔偿义务机关分析案情、制定诉讼策略，并提供法律意见和证据支持，从而降低败诉风险。
积极应对诉讼：在诉讼过程中，赔偿义务机关应积极应对，按照法院的要求提供证据和材料，并参与庭审活动。通过积极应对诉讼，赔偿义务机关可以更好地维护自己的合法权益。
如果您在赔偿义务机关举证责任方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。