结论：在部门搬迁外地，公司需支付赔偿时，平均工资的计算通常包括加班费，但具体是否包含需依据劳动合同、公司规章制度以及地方性规定综合判断。以下从不同角度详细分析：
一、法律原则与普遍规定
根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关劳动法规，经济补偿的计算基数一般为劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。这里的“平均工资”是一个广义概念，原则上应涵盖劳动者在该期间内获得的所有劳动报酬，包括基本工资、奖金、津贴、补贴以及加班费等。这是因为加班费是劳动者因额外工作而应得的报酬，属于劳动报酬的组成部分，理应纳入平均工资的计算范畴。
二、具体情形分析
劳动合同与规章制度：
- 如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了平均工资的计算方式，且该方式未排除加班费，则应按照约定执行。
- 若劳动合同或规章制度中未明确规定，或规定与法律法规相抵触（如排除加班费），则应依据法律法规的规定，将加班费纳入平均工资的计算。
地方性规定：
- 不同地区可能根据当地实际情况，制定了关于经济补偿计算基数的具体规定。例如，某些地区可能明确规定平均工资应包含加班费，而另一些地区则可能未作明确规定。
- 因此，在具体案件中，还需参考当地的地方性法规或政策，以确定平均工资的具体计算方式。
司法实践：
- 在司法实践中，法院或仲裁机构通常会根据法律法规的规定，结合劳动合同、公司规章制度以及地方性规定，综合判断平均工资的计算方式。
- 如果加班费是劳动者正常工资收入的一部分，且未违反法律法规的强制性规定，则法院或仲裁机构一般会支持将加班费纳入平均工资的计算。
三、法律建议
审查劳动合同与规章制度：
- 劳动者应首先审查自己的劳动合同和公司规章制度，了解其中关于平均工资计算方式的规定。
- 如果发现规定与法律法规相抵触或不明确，应及时与公司沟通协商，或寻求法律援助。
收集证据：
- 在计算平均工资时，劳动者应收集相关证据，如工资条、银行流水、加班记录等，以证明自己的加班情况和加班费收入。
- 这些证据将有助于劳动者在争议解决过程中维护自己的合法权益。
咨询专业律师：
- 如果劳动者对平均工资的计算方式存在疑问或争议，应及时咨询专业律师，了解自己的法律权益和可能的维权途径。
- 作为专业律师，我可以根据具体情况为劳动者提供详细的法律咨询和代理服务。
四、可能的法律后果
如果公司未按照法律法规的规定计算平均工资，并据此支付经济补偿，劳动者有权向公司提出异议，并要求公司重新计算并支付差额部分。如果公司拒绝支付或协商无果，劳动者可以向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。
总结：在部门搬迁外地的情况下，公司需支付赔偿时，平均工资的计算通常包括加班费。但具体是否包含需依据劳动合同、公司规章制度以及地方性规定综合判断。劳动者应了解自己的法律权益，并在必要时寻求法律援助。如果你有进一步的法律问题或需要具体的法律帮助，可以直接向我咨询。