公司搬迁时支付的加班费算作工资的一部分。以下从不同角度为你详细分析：

法律定义角度

根据《关于工资总额组成的规定》第四条，工资总额由下列六个部分组成：计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴、加班加点工资、特殊情况下支付的工资。从这一法律定义可以明确看出，加班费属于工资总额的组成部分，因此，无论公司是否处于搬迁阶段，只要支付了加班费，这部分费用就应当被视为工资的一部分。

实际应用角度

在实际操作中，加班费是员工因超出正常工作时间而获得的额外报酬，它是对员工额外劳动的补偿。公司搬迁可能涉及员工工作时间的调整或增加，如果因此产生了加班情况，公司支付的加班费自然应当计入员工的工资总额中。这不仅符合法律的规定，也体现了对员工劳动的尊重和合理补偿。

特殊情况说明

虽然加班费一般算作工资的一部分，但也有一些特殊情况需要注意。例如，如果公司搬迁是由于不可抗力因素（如自然灾害、政府行为等）导致的，且公司已经按照相关规定为员工提供了合理的补偿和安排，那么在这种情况下，加班费的计算和处理可能会受到一定影响。但这种情况相对较少，且需要具体分析相关法律法规和政策规定。

法律后果提示

如果公司未按照法律规定支付加班费，或者将加班费排除在工资总额之外，员工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，要求公司补发加班费并承担相应的法律责任。因此，公司应当严格遵守相关法律法规，确保员工的合法权益得到保障。

综上所述，公司搬迁时支付的加班费算作工资的一部分。如果你在公司搬迁过程中遇到了加班费支付问题或其他相关劳动纠纷，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议和帮助。