旷工扣三倍工资的做法是不合法的。以下是对此问题的详细分析：
法律依据
《中华人民共和国劳动法》第五十条：
- 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这一规定明确保障了劳动者的工资权益，禁止用人单位任意扣减工资。
《工资支付暂行规定》第十六条：
- 若因劳动者的旷工行为给用人单位造成了经济损失，用人单位有权扣除部分工资作为赔偿，但扣除额度必须严格控制在劳动者当月工资的20%以内。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则应按最低工资标准支付。这一规定限制了用人单位扣除工资的额度和条件，确保劳动者的基本生活需求不受影响。
旷工当天的工资处理
- 旷工当天，用人单位可以不支付该日的工资，这是合理的。但除非旷工行为给用人单位造成了经济损失，并且双方在劳动合同中有明确约定，否则用人单位不得额外扣减其他工资。
特殊情况与处理
规章制度依据：
- 如果用人单位依法制定的规章制度中明确规定了旷工的处罚措施，且该规章制度制定程序合法（如经过民主程序制定、向劳动者公示等），内容合理（不能明显畸重），那么在这种情况下，按规章制度适当扣减工资可能被认定为合法。但即便如此，扣三倍工资也通常超出了合理范畴，因为这违反了上述法律法规中关于工资扣除额度和条件的规定。
实际经济损失的赔偿：
- 在特殊情况下，如果员工的不当行为确实给雇主带来了实际经济损失，雇主有权相应地扣除员工部分薪酬以弥补损失。但同样地，每月扣除的金额不得超出该员工当月工资的20%。若扣除后的剩余工资低于当地政府所设定的月最低工资标准，则应按照最低工资标准予以发放。
劳动者权益保护
- 如果劳动者认为用人单位旷工扣三倍工资的做法侵犯了其合法权益，可以先与用人单位进行沟通协商，要求其纠正不合理的扣薪行为。
- 协商不成的，劳动者可以向劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁来维护自身权益。劳动监察部门和劳动仲裁机构将依据相关法律法规对争议进行调查和裁决，确保劳动者的合法权益得到保障。
建议与总结
- 用人单位：在制定内部工资支付制度时，应严格遵守相关法律法规，确保扣款行为合法合理。对于旷工行为，原则上应当扣除当日的工资，若造成经济损失，则每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。
- 劳动者：应了解自己的权益和义务，在遇到不合理扣款时及时与用人单位沟通协商或寻求法律途径维护自己的合法权益。同时，劳动者也应遵守用人单位的规章制度和劳动纪律，避免旷工等违纪行为的发生。
综上所述，旷工扣三倍工资的做法违反了相关法律法规的规定，损害了劳动者的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。