结论前置：

1. 一般情况下，劳动合同法并未约定旷工可以扣3倍工资，用人单位无权对旷工员工直接扣除三倍工资作为处罚。
2. 若用人单位制度规定“旷工扣三倍工资”，其合法性需根据具体情况判断。若该规定经过员工大会或代表大会同意，并明确写入劳动合同，则可能具有合法性；但若未经员工同意或未在合同中明确，则该规定不合法。

法律分析：

首先，从《中华人民共和国劳动法》和《工资支付暂行规定》的相关规定来看，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。若因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。这表明，用人单位无权对旷工员工直接扣除三倍工资作为处罚，除非员工的旷工行为导致实际损失，且赔偿金额需符合上述限制。

其次，对于用人单位制度规定“旷工扣三倍工资”的合法性，需根据具体情况判断。若该规定是在员工大会或代表大会上经过讨论并获得同意，且该规定被明确写入劳动合同，那么这一规定在形式上可能具备合法性基础。因为在此情况下，劳动者在入职时已被告知并同意了这一条款。然而，若该规定未经过员工同意，或者虽然经过了某种形式的“同意”但并未明确写入劳动合同，则用人单位无权单方面执行此规定。此时，该规定因缺乏法律依据而不合法。

处理建议：

1. 对于旷工的员工，用人单位通常应只扣除当天工资作为惩戒，而不是三倍工资。这是符合法律法规的常规做法。
2. 若用人单位希望制定更严格的旷工处罚制度，应确保该制度经过员工大会或代表大会的同意，并明确写入劳动合同。同时，该制度应合理、公平，不得违背法律法规的强制性规定。
3. 若旷工行为确实给用人单位造成了经济损失，用人单位可以要求劳动者进行赔偿。但赔偿金额和扣除工资的总额不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。

注意事项：

1. 用人单位在制定规章制度时，应充分考虑其合理性和公平性，避免制定过于苛刻或不合理的条款，以免引发劳动争议和法律纠纷。
2. 劳动者也应了解自己的权益和义务，在遇到不合理扣款时及时与用人单位沟通协商或寻求法律途径维护自己的合法权益。

总结与建议：

综上所述，旷工扣三倍工资的做法在一般情况下是不合法的。用人单位应依法依规处理员工的旷工问题，确保处理的公正性和合理性。同时，劳动者也应了解自己的权益和义务，在遇到不合理规定时及时寻求法律援助。若您有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。