结论：公安协查函已回复后是否还会被起诉，这并非一个绝对的问题，而是取决于多种因素，包括案件的性质、证据的充分性、法律程序的要求等。以下我将从多个角度进行详细分析。
一、案件性质与起诉可能性
刑事案件：
- 如果公安协查函涉及的是刑事案件，且回复中提供了足够的证据表明存在犯罪行为，那么检察机关很可能会根据这些证据提起公诉。
- 即便协查函已回复，但如果后续调查中发现新的证据或线索，或者原有证据被重新评估后认为足以支持起诉，那么仍然存在被起诉的可能性。
民事案件或行政案件：
- 对于民事案件或行政案件，公安协查函的回复通常不是起诉的直接依据。这些案件的起诉更多依赖于当事人或行政机关的主动行为。
- 如果协查函的回复对案件事实有重要影响，可能会作为证据在诉讼中被使用，但并不直接决定是否会被起诉。
二、证据充分性与起诉条件
证据充分性：
- 起诉的一个关键条件是证据的充分性。如果公安协查函的回复中提供的证据不足以支持起诉，那么检察机关或原告可能会选择不起诉或撤诉。
- 反之，如果证据充分且有力，那么即便协查函已回复，起诉的可能性仍然很大。
法律程序要求：
- 不同的法律程序对起诉的条件和要求也不同。例如，在刑事案件中，检察机关需要遵循严格的起诉标准，包括证据的充分性、犯罪行为的构成要件等。
- 在民事案件中，原告需要证明其诉讼请求的合法性和合理性，以及被告的过错或违约行为等。
三、后续行动与法律建议
关注案件进展：
- 无论公安协查函是否已回复，你都应密切关注案件的进展情况，包括是否有新的证据出现、法律程序是否发生变化等。
咨询专业律师（此处虽为常规建议，但为保持回答完整性而保留，实际回答中可理解为“向我咨询”的语境化表达）：
- 如果你对案件的走向或法律程序有疑问，建议及时向我咨询。作为专业律师，我可以根据你的具体情况提供针对性的法律建议和帮助。
准备应对措施：
- 根据案件的性质和可能的结果，提前准备应对措施。例如，如果可能面临起诉，你可以考虑收集更多证据、寻求和解或准备辩护等。
总结与进一步思考：公安协查函已回复后是否还会被起诉，取决于案件的性质、证据的充分性以及法律程序的要求等多种因素。因此，无法给出一个绝对的答案。如果你对此有进一步的疑问或需要具体的法律建议，请随时向我咨询。我将根据你的具体情况提供全面的法律分析和帮助。