申请执行抚养费已超两年，依然可以申请执行，但具体情况需结合实际分析。抚养费作为父母对子女的法定义务，具有特殊性，其执行并不完全受限于普通的申请执行时效规定。以下从多个角度为你详细分析：
一、抚养费执行的特殊性
法定义务的持续性：
- 抚养费是父母对子女应尽的法定义务，旨在保障子女的生活和成长需要。这种义务持续至子女成年或能够独立生活为止，不因时间推移而消失。
- 因此，即使超过了通常的申请执行时效，只要子女仍然需要抚养费，父母就有义务支付。
不适用普通诉讼时效：
- 抚养费的请求权往往不受普通诉讼时效的限制。在司法实践中，法院通常认为抚养费关乎未成年人的生存权益，应给予特殊考虑。
- 这意味着，即使超过了二年的申请执行时效，法院仍可能受理执行申请并强制执行，只要义务人未提出有效的时效抗辩。
二、申请执行时效的具体规定
一般规定：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，申请执行的期间为二年。这一时效的计算方式通常从法律文书规定履行期的最后一日起算，或从法律文书生效之日起计算（若未规定履行期）。
时效的中止与中断：
- 在二年申请执行时效内，若出现特定情况（如权利人向义务人提出履行请求、义务人同意履行义务等），执行期间可以被中断并重新计算。
- 这意味着，即使表面上看似超过了执行期限，实际上可能仍存在有效的追讨途径。
三、超过申请执行时效的处理方式
重新起诉：
- 如果超过了二年的申请执行时效，且法院不再受理执行申请，权利人仍可以向法院起诉要求支付抚养费。
- 法院会进行实体审查，只要证明子女与支付抚养费一方存在亲子关系等基础事实，且子女确实需要抚养费，法院通常会根据具体情况判决支付。
执行生效判决：
- 若获得法院生效判决，对方仍不履行支付义务，权利人可再次申请强制执行。此时，即使超过了最初的申请执行时效，法院仍可能受理并执行。
四、实际操作建议
及时申请执行：
- 尽管抚养费执行具有特殊性，但建议权利人在取得生效法律文书后，及时向法院申请执行，以确保权益得到及时保障。
保留证据：
- 在追讨抚养费过程中，保留好相关证据（如亲子关系证明、抚养费支付记录等），以便在需要时向法院提供。
咨询专业意见：
- 如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，提供详细的法律建议和操作方案。
总结来说，申请执行抚养费已超两年，并不意味着无法执行。由于抚养费的特殊性和法定义务的持续性，法院在司法实践中通常会给予特殊考虑。然而，为了确保权益得到及时保障，建议权利人在取得生效法律文书后及时申请执行，并保留好相关证据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。