结论：是否能够要回被公司罚款的款项，取决于多个因素，包括罚款的合法性、公司规章制度的合规性以及协商免责协议的具体内容等。以下从不同角度进行分析：
一、罚款的合法性
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关法律法规，公司并非行政机关，一般不具备对员工进行罚款的权力。除非公司规章制度中明确规定了罚款条款，并且这些条款不违反法律法规的强制性规定，同时经过了民主程序制定并公示，否则罚款可能被视为违法。
分析：
- 如果公司罚款缺乏法律依据或违反了相关法律法规，那么员工有权拒绝支付罚款，并可以要求公司退还已支付的罚款。
二、公司规章制度的合规性
规章制度制定程序：
- 公司的规章制度应当经过民主程序制定，即应当与工会或者职工代表平等协商确定，并公示或者告知劳动者。如果规章制度未经民主程序制定或未公示，可能对员工不产生约束力。
规章制度内容：
- 规章制度中的罚款条款应当合理、合法，不得违反法律法规的强制性规定，也不得侵犯员工的合法权益。如果罚款条款过于苛刻或不合理，可能被视为无效。
分析：
- 如果公司的规章制度在制定程序或内容上存在瑕疵，员工可以主张罚款无效，并要求公司退还罚款。
三、协商免责协议的具体内容
协议效力：
- 如果员工与公司之间签订了协商免责协议，并且该协议是双方真实意思的表示，不违反法律法规的强制性规定，那么该协议具有法律效力。
协议内容：
- 协商免责协议中应当明确约定免责的具体事项、范围、条件等。如果协议中明确约定了员工在特定情况下免于承担罚款责任，那么公司应当遵守协议约定，不得再对员工进行罚款。
分析：
- 如果协商免责协议中明确约定了员工免于承担罚款责任，并且该协议具有法律效力，那么员工可以依据协议要求公司退还罚款。
四、建议与行动
审查公司规章制度和协商免责协议：
- 员工应当仔细审查公司的规章制度和与自己签订的协商免责协议，了解其中关于罚款的条款和约定。
与公司沟通协商：
- 如果员工认为公司罚款缺乏法律依据或违反了相关法律法规、规章制度或协商免责协议，可以与公司进行沟通协商，要求公司退还罚款。
寻求法律援助：
- 如果与公司沟通协商无果，员工可以寻求法律援助或向劳动争议调解仲裁机构申请调解仲裁，维护自己的合法权益。
总结：是否能够要回被公司罚款的款项，需要综合考虑罚款的合法性、公司规章制度的合规性以及协商免责协议的具体内容等多个因素。如果员工认为公司罚款存在违法或不合理之处，可以与公司沟通协商或寻求法律援助来维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。