企业租用两县边界上的村集体土地，多年后该土地划为它县版图，这一行为是否合法，需从多个角度进行分析：

1. 租赁合同的效力与土地权属变更：

   • 企业与村集体签订的土地租赁合同，在签订时若双方均具备相应的民事行为能力，意思表示真实，且合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，则该合同是有效的。
   • 土地权属的变更（如从一县划归另一县）并不直接影响已签订的租赁合同的效力。根据《民法典》的相关规定，合同生效后，当事人不得因姓名、名称的变更或者法定代表人、负责人、承办人的变动而不履行合同义务。因此，土地权属的变更并不构成企业或村集体不履行租赁合同的理由。

2. 土地用途与规划：

   • 企业租用村集体土地时，应确保土地用途符合当地的土地利用总体规划和城乡规划。若租赁合同中明确约定了土地用途，企业应严格按照约定使用土地。
   • 土地划归它县后，新的土地管理部门可能会对土地用途和规划进行调整。若企业的土地使用行为不符合新的规划要求，可能会面临整改或处罚。但这一调整并不直接影响租赁合同的效力，而是可能影响企业后续的土地使用行为。

3. 行政许可与审批：

   • 企业租用村集体土地进行建设或经营活动，可能需要取得相关的行政许可或审批。若租赁合同签订时企业已依法取得必要的许可或审批，则土地权属变更后，企业应继续遵守相关法律法规，确保许可或审批的有效性。
   • 若土地划归它县后，新的土地管理部门要求企业重新办理许可或审批手续，企业应积极配合，确保合法经营。

4. 法律后果与风险防范：

   • 若企业未按照租赁合同约定或法律法规规定使用土地，可能面临违约责任、行政处罚甚至刑事责任。因此，企业应密切关注土地权属变更后的相关法律法规和政策变化，及时调整土地使用行为。
   • 为防范法律风险，企业可以在租赁合同中约定土地权属变更时的处理方式，如协商调整租金、租赁期限或解除合同等。同时，企业也可以咨询当地土地管理部门或专业律师，了解土地权属变更后的具体要求和操作流程。

总结与建议：

• 企业租用两县边界上的村集体土地，多年后该土地划为它县版图，这一行为本身并不直接构成违法。但企业应密切关注土地权属变更后的相关法律法规和政策变化，确保土地使用行为符合新的规划要求和行政许可条件。
• 为防范法律风险，企业可以在租赁合同中约定相关条款，并咨询专业律师或当地土地管理部门，了解具体操作流程和要求。若遇到法律问题或纠纷，可直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律意见和解决方案。