公司无故扣工资，劳动者确实可以申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据
《中华人民共和国劳动合同法》第八十五条：明确规定了用人单位未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；逾期不支付的，还需加付赔偿金。无故扣工资即属于未足额支付劳动报酬的情形。
《中华人民共和国劳动法》第五十条：规定工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这为劳动者反对无故扣工资提供了直接的法律支持。
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条：明确了因劳动报酬等发生的争议，劳动者可以申请劳动仲裁。无故扣工资显然属于劳动报酬争议的范畴。
二、申请劳动仲裁的条件
扣工资行为需无正当理由：若用人单位基于合法的规章制度或劳动者自身过错（如严重违反公司规定造成损失）而扣工资，则可能不属于劳动仲裁直接处理的范畴。但“无故”扣工资，即没有合法理由或未经劳动者同意的扣工资行为，是劳动仲裁可以介入的。
准备好相关证据：劳动者需收集并准备好劳动合同、工资条、考勤记录、银行工资流水明细、与用人单位关于扣工资的沟通记录（如聊天记录、邮件等）等相关证据，以证明公司存在扣工资的行为且该行为无正当理由。
三、申请劳动仲裁的流程
提交仲裁申请：向劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会提交书面仲裁申请。申请书应详细说明申请人与被申请人的基本信息、仲裁请求（如要求公司足额支付被克扣的工资及可能产生的赔偿金）、事实与理由等内容，并附上收集的证据材料。
等待受理与通知：仲裁委员会在收到申请后会进行审查，符合受理条件则予以受理，并将仲裁申请书副本送达被申请人（即公司），同时通知双方开庭时间。
开庭审理：双方当事人在指定时间到达仲裁庭参加庭审。在庭审过程中，双方可以进行陈述、举证、质证等环节，就争议焦点进行辩论。仲裁庭会查明事实，并根据事实和法律作出裁决。
裁决与执行：仲裁庭在审理后作出裁决。若用人单位对裁决结果不履行，劳动者可在规定期限内向法院申请强制执行，以确保裁决得到落实。
四、注意事项
仲裁时效：劳动者应在扣工资行为发生之日起一年内提起仲裁，以确保符合《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》规定的仲裁时效。超过时效的，仲裁委员会可能不予受理。
积极配合仲裁庭：在整个仲裁流程中，劳动者应积极配合仲裁庭的工作，提供必要的证据和材料，并按时参加庭审等活动。这有助于仲裁庭更快、更准确地查明事实，作出公正裁决。
考虑后续行动：如果仲裁裁决公司应返还被扣工资而公司拒不执行，劳动者除了可以向法院申请强制执行外，还可以考虑向劳动行政部门投诉，要求对公司进行行政处罚。
总结来说，面对公司无故扣工资的行为，劳动者不仅有权而且应该积极通过劳动仲裁途径来维护自己的合法权益。在申请过程中，务必准备充分、遵循程序，并注意时效与执行问题，以确保自身权益得到有效保护。如果你在此过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。