员工在加班时管理员限制其使用洗手间，属于侵犯员工基本权益的行为，员工有权采取合理措施维护自身权益。具体可从以下几个角度分析和处理：

1. 从劳动权益保护角度
   根据《劳动法》和《劳动合同法》，员工享有基本的人身自由和合理休息的权利。即使处于加班状态，员工也有权在合理时间内使用洗手间，这是维持基本生理需求的必要条件。管理员以管理为由限制员工使用洗手间，可能构成对员工合法权益的侵犯。
   建议：员工可先与管理员或上级沟通，明确表达使用洗手间是合理需求，要求对方停止不当限制。若沟通无果，可向公司人力资源部门或工会反映情况，寻求内部解决。

2. 从健康权保护角度
   长期限制员工使用洗手间可能对员工的身体健康造成损害，例如引发泌尿系统疾病等。根据《民法典》中关于健康权的规定，员工有权要求用人单位提供安全、健康的工作环境，避免因管理不当导致身体伤害。
   建议：若员工因限制使用洗手间导致身体不适或疾病，可保留相关医疗证据，后续可能通过法律途径要求用人单位承担相应责任。

3. 从企业管理合规角度
   用人单位有义务制定合理的管理制度，平衡管理需求与员工权益。限制员工使用洗手间属于不合理的管理措施，可能引发员工不满甚至劳动纠纷，影响企业形象和劳动关系和谐。
   建议：用人单位应审查现有管理制度，确保不侵犯员工基本权益。员工也可向劳动监察部门投诉，由相关部门介入调查并督促企业整改。

总结：员工在加班时被限制使用洗手间，可通过沟通、内部投诉或向劳动监察部门反映等方式维护自身权益。若因此导致健康损害，还可依法追究用人单位责任。如有进一步疑问或需要具体操作指导，可直接向我咨询。