结论：对于基本农田搞养殖但未破坏耕作层的情况，一般由自然资源主管部门（原国土资源主管部门）进行查处。不过，具体查处情况还需结合养殖活动的性质、规模以及是否违反相关法律法规来综合判断。
详细分析：
基本农田的保护原则：
- 基本农田是依据土地利用总体规划确定的不得占用的耕地，受到严格的法律保护。任何单位和个人不得擅自改变基本农田的用途，包括在基本农田上从事养殖活动，除非符合特定的条件和程序。
养殖活动与基本农田的关系：
- 如果养殖活动未破坏耕作层，且符合当地土地利用总体规划和相关法律法规的规定，可能在一定程度上被允许或容忍。但即便如此，也需确保养殖活动不会对基本农田的长期生产能力造成潜在威胁。
- 然而，如果养殖活动违反了相关法律法规，如未经批准擅自占用基本农田、改变土地用途等，即使未破坏耕作层，也可能面临查处。
查处主体与程序：
- 根据相关法律法规，自然资源主管部门（原国土资源主管部门）是负责土地管理和监督的主要部门，有权对违法占用基本农田的行为进行查处。
- 查处程序通常包括立案调查、收集证据、作出处罚决定等步骤。如果养殖活动被认定为违法，自然资源主管部门将依法责令停止违法行为、恢复土地原状，并可能处以罚款等行政处罚。
特殊情况与例外：
- 在某些地区或特定情况下，可能存在对基本农田上养殖活动的特殊规定或例外。例如，某些地方可能允许在符合一定条件下在基本农田上发展生态农业或观光农业等。但这些特殊规定或例外通常需要经过严格的审批程序，并受到严格的监管。
法律建议：
- 如果您计划在基本农田上开展养殖活动，建议先咨询当地自然资源主管部门或农业部门，了解相关法律法规和政策要求，确保养殖活动合法合规。
- 如果您已经开展了养殖活动，但担心可能违反相关法律法规，建议尽快进行自查自纠，确保养殖活动未破坏耕作层且符合当地土地利用总体规划和相关法律法规的规定。
- 如果您收到了自然资源主管部门的查处通知或处罚决定，建议及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，并依法进行申诉或抗辩。
可能后果：
- 如果养殖活动被认定为违法且未及时整改，可能面临自然资源主管部门的行政处罚，包括罚款、责令停止违法行为、恢复土地原状等。
- 在严重情况下，如果养殖活动对基本农田造成了严重破坏或长期影响，还可能涉及刑事责任或民事赔偿等法律后果。