在执行过程中，申请人与被执行人约定退还部分执行款项，这一行为本身并不违法，但需要满足一定的条件并遵循相应的法律程序。以下从不同角度进行详细分析：

1. 合法性基础：

   • 意思自治原则：在民事法律关系中，当事人有权根据自己的意愿设立、变更或终止民事权利义务关系。因此，申请人与被执行人之间就退还部分执行款项达成协议，是双方意思自治的体现，原则上应受到尊重。
   • 执行和解制度：根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释的规定，在执行过程中，双方当事人可以自行达成和解协议。和解协议的内容可以包括对执行标的的变更、履行方式的调整等，其中就包括退还部分执行款项的情况。

2. 需满足的条件：

   • 双方自愿：和解协议的达成必须基于双方当事人的真实意愿，任何一方不得强迫或欺骗对方接受不利的条件。
   • 不违反法律强制性规定：和解协议的内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得损害国家、集体或第三人的利益。例如，如果退还部分款项涉及逃避税收、洗钱等违法行为，则该协议无效。
   • 法院确认：虽然和解协议的达成不需要法院的直接参与，但为了确保和解协议的合法性和有效性，双方当事人通常会将和解协议提交给执行法院进行确认。法院在审查后，如果认为和解协议不违反法律规定，且符合执行案件的实际情况，会裁定终结执行程序（或中止执行，待和解协议履行完毕后再终结），并将和解协议的内容记入笔录。

3. 可能的法律后果：

   • 如果和解协议得到履行：则执行案件得以圆满解决，双方当事人的权利义务关系得到明确和调整。
   • 如果和解协议未得到履行：则申请执行人可以申请恢复原生效法律文书的执行。此时，法院将恢复对原判决、裁定或其他生效法律文书的执行程序，被执行人需要继续履行其义务。

4. 实践建议：

   • 在达成和解协议前，双方应充分沟通并明确各自的权利义务：确保和解协议的内容清晰、明确，避免产生歧义或争议。
   • 考虑将和解协议提交给执行法院进行确认：以增强和解协议的法律效力和执行力。
   • 在履行和解协议过程中，双方应保持诚信并积极配合：确保和解协议能够顺利履行完毕。

总结来说，申请人与被执行人在执行过程中约定退还部分执行款项是合法的，但需要满足双方自愿、不违反法律强制性规定等条件，并建议将和解协议提交给执行法院进行确认。如果你在执行过程中遇到相关问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。