工厂在员工自离后不发工资是违法的。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、法律依据
《中华人民共和国劳动法》第五十条：
- 明确规定：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”这一条款强调了用人单位支付工资的义务，不受劳动者离职方式的影响。无论员工是正常离职还是自离，只要其提供了劳动，工厂就应当支付相应的工资。
《中华人民共和国劳动合同法》第三十七条及第三十条：
- 第三十七条规定了劳动者提前通知解除劳动合同的程序，但并未规定未提前通知则用人单位可以拒付工资。
- 第三十条进一步强调：“用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。”这再次确认了用人单位支付工资的义务，与劳动者的离职方式无关。
《工资支付暂行规定》第九条：
- 规定：“劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。”这一条款确保了劳动者在离职时能够及时获得应得的报酬，无论离职原因如何。
二、自离与工资支付的关系
- 自离的定义：自离通常指劳动者未按照用人单位规定的程序办理离职手续而擅自离开工作岗位的行为。
- 自离不影响工资支付：尽管自离可能违反了工厂的规章制度或劳动合同中的约定，但这并不构成工厂拒绝支付工资的合法理由。工资是劳动者提供劳动的对价，与劳动者的离职方式无关。工厂不能因员工选择了不当的离职方式而剥夺其获取工资的权利。
三、工厂违法行为的后果及劳动者维权途径
法律责任：
- 如果工厂以自离为由拒绝支付工资，将承担相应的法律责任。劳动者有权要求工厂支付拖欠的工资，并可能要求工厂支付因拖欠工资而产生的赔偿金。
劳动者维权途径：
- 协商：首先尝试与工厂进行友好协商，要求其支付工资。这是最直接、最快捷的解决方式。
- 投诉：如果协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权责令工厂限期支付工资，并对工厂的违法行为进行处罚。
- 仲裁：若投诉仍未解决问题，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。仲裁委员会将依法审理案件，并作出裁决。如果工厂不履行裁决，劳动者还可以向人民法院申请强制执行。
- 诉讼：在特定情况下，劳动者也可以直接向人民法院提起诉讼，要求工厂支付工资及赔偿金。
四、特殊情况处理
- 经济损失赔偿：
- 如果劳动者的自离行为确实给工厂造成了实际经济损失，工厂可以依据劳动合同约定或法律规定要求劳动者赔偿损失。但需注意，赔偿金额受到一定限制，如每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
- 赔偿与工资分离：
- 工厂不能直接用工资来抵扣损失。必须通过合法途径，如协商或通过劳动争议仲裁等方式来解决赔偿问题。如果工厂擅自扣除工资作为赔偿，劳动者有权要求工厂返还被扣除的工资，并可能要求工厂支付因擅自扣除工资而产生的赔偿金。
总结与建议：工厂在员工自离后不发工资是违法的。劳动者有权要求工厂支付应得的工资，并可以通过协商、投诉、仲裁或诉讼等合法途径来维护自己的权益。在处理此类问题时，建议劳动者保留好相关证据，如工作证、工资条、劳动合同等，以便在维权时提供有力支持。如果还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。