员工自离后，用人单位以自离为由不发工资的行为，在大多数情况下是违法的。不过，具体是否违法还需结合实际情况来判断。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

一、法律依据

1. 《中华人民共和国劳动法》第五十条：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这一规定明确了用人单位必须按时足额支付劳动者工资的义务，无论劳动者是否离职，其应得的工资都应得到保障。

2. 《中华人民共和国劳动合同法》第三十条：用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。这进一步强调了用人单位支付工资的义务，即使员工自离，也不影响其获得已工作期间工资的权利。

二、自离与工资发放的关系

1. 自离的定义：自离通常指员工未按照公司规定的程序办理离职手续而擅自离开工作岗位的行为。虽然自离可能违反公司的规章制度，但这并不构成用人单位克扣或拖欠工资的理由。

2. 工资发放的原则：工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，与劳动者是否按程序离职无关。因此，即使员工自离，用人单位也应按照劳动合同或公司规定，支付员工已工作期间的工资。

三、特殊情况下的处理

1. 员工违规行为的处罚：如果员工在自离前未按照法律规定或公司规章制度提前通知公司，或未完成交接工作，公司可能根据这些违规行为对员工进行处罚，包括合理扣除部分工资。但此扣除需遵循法律规定，不得违反最低工资标准等要求，且扣除的部分通常限于因员工违规行为给公司造成的直接经济损失。

2. 公司经济损失的赔偿：若员工的自离行为给公司造成了实际经济损失或影响了正常运营，公司有权要求员工承担相应的赔偿责任。赔偿的具体数额和方式应通过协商或法律程序确定，且不得影响员工已工作期间工资的支付。

四、违法行为的后果

如果用人单位以员工自离为由拒绝支付工资，将面临以下法律后果：

1. 劳动行政部门处罚：根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十五条，用人单位未及时足额支付劳动报酬的，由劳动行政部门责令限期支付；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金。

2. 民事赔偿责任：员工有权通过劳动仲裁或诉讼途径要求用人单位支付拖欠的工资及相应的赔偿金。

3. 刑事责任风险：在极端情况下，如果用人单位的欠薪行为构成犯罪（如拒不支付劳动报酬罪），相关责任人员还可能面临刑事处罚。

五、建议与措施

1. 对于用人单位：

   • 应建立健全的工资支付制度，确保按时足额支付劳动者工资。
   • 在处理员工自离问题时，应遵循法律法规和劳动合同的规定，妥善处理工资支付事宜。
   • 加强与员工的沟通与交流，了解员工的需求和想法，减少因误解或矛盾导致的自离现象。

2. 对于劳动者：

   • 如遇到用人单位以自离为由拒绝支付工资的情况，应及时收集并保留相关证据（如工作记录、考勤表、工资条等）。
   • 向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

总结来说，员工自离后，用人单位以自离为由不发工资的行为在大多数情况下是违法的。双方应通过协商和沟通来解决问题，必要时可寻求法律援助以维护自身合法权益。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。