结论：村支部将村原有的坑塘填平并作为宅基地使用是否合法，需根据具体情况判断，包括是否符合土地利用总体规划、是否经过法定审批程序等。以下从多个角度进行分析：
一、土地利用总体规划与审批程序
土地利用总体规划：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，农村土地的使用需符合土地利用总体规划。坑塘作为农村集体土地的一部分，其用途的变更（如从水域变为宅基地）需经过规划部门的审批。
- 若村支部未经规划部门审批，擅自将坑塘填平并作为宅基地使用，则可能违反土地利用总体规划，属于违法行为。
审批程序：
- 宅基地的分配和使用需经过严格的审批程序，包括向乡（镇）人民政府审核，由县级人民政府批准等。
- 若村支部未按照法定程序进行审批，而是自行决定将坑塘填平作为宅基地，则这种行为可能构成非法占地或滥用职权。
二、合同效力与土地性质
合同效力：
- 您提到的“合同是20年”，需明确该合同的具体内容。若合同是关于坑塘的使用或租赁，且未涉及土地性质的变更，则村支部将坑塘填平作为宅基地使用可能违反了合同约定。
- 若合同中明确约定了土地用途的变更或宅基地的分配，则需进一步审查合同的合法性和有效性。例如，合同是否经过法定程序审批、是否违反法律法规的强制性规定等。
土地性质：
- 坑塘作为农村集体土地，其性质可能为水域或未利用地。若要将坑塘变为宅基地，需经过土地性质的变更程序，包括土地征收、转用等。
- 若村支部未按照法定程序变更土地性质，而是擅自将坑塘填平作为宅基地使用，则可能构成非法占地或改变土地用途。
三、法律后果与维权建议
法律后果：
- 若村支部的行为违反了土地管理法律法规或合同约定，可能面临行政处罚（如罚款、责令恢复原状等）或民事赔偿（如赔偿因非法占地造成的损失等）。
- 在严重情况下，若村支部的行为构成犯罪（如非法转让、倒卖土地使用权罪等），还可能面临刑事处罚。
维权建议：
- 若您认为村支部的行为侵犯了您的合法权益（如合同权益、土地权益等），建议首先与村支部进行协商，寻求和解或补偿。
- 若协商无果，您可以向当地乡（镇）人民政府或县级人民政府土地行政主管部门投诉举报，要求相关部门进行调查处理。
- 同时，您也可以考虑通过法律途径维护自己的权益，如提起民事诉讼或行政诉讼等。在诉讼过程中，建议您咨询专业律师以获取更具体的法律建议和支持。
进一步思考：在处理此类问题时，还需考虑当地的具体政策、规定以及实际情况。例如，某些地区可能对于坑塘的填平和使用有特殊的政策或规定；或者坑塘的填平可能涉及到环境保护、水利安全等方面的问题。因此，在做出决策或采取行动前，建议您充分了解当地的相关政策和规定，并咨询专业律师以获取更全面的法律建议。