发包方扣减履约保函费用需基于合同约定或法定事由，且需符合法定程序，具体分析如下：

1. 合同约定优先
   若合同中明确约定了扣减履约保函费用的情形（如承包方违约、工期延误、质量不达标等），发包方需按合同条款执行。例如：

   • 合同约定“承包方每逾期一天，发包方有权按保函金额的0.1%扣减费用”，则发包方需提供工期延误的证据（如监理报告、沟通记录等），并计算扣减金额。
     
   • 合同约定“质量未达标准时，发包方可直接兑付保函”，则发包方需先通知承包方整改，若整改未达标，方可启动保函兑付程序。
     关键点：合同条款需具体、明确，避免模糊表述（如“酌情扣减”），否则可能因约定不明引发纠纷。

2. 法定事由补充
   若合同未约定或约定不明，发包方需依据《民法典》《招标投标法》等法律规定主张扣减。常见情形包括：

   • 承包方根本违约：如擅自停工、转包工程等，发包方可依据《民法典》第563条解除合同，并要求承包方承担违约责任（包括保函费用损失）。
     
   • 保函性质变更：若保函已过期或被撤销，发包方需及时通知银行止付，否则可能因保函失效无法扣减费用。
     关键点：法定事由需有充分证据支持（如违约通知、损失证明等），否则可能被认定为滥用权利。

3. 程序合规性要求
   无论基于合同还是法定事由，发包方扣减费用均需履行以下程序：

   • 通知义务：需书面通知承包方扣减事由、金额及依据，并留存送达证据（如EMS回执、邮件截图等）。
     
   • 兑付限制：若保函为见索即付型，发包方需在保函有效期内提交符合要求的索赔文件（如违约声明、损失计算单等），否则银行可能拒付。
     
   • 剩余金额返还：扣减后若保函仍有余额，发包方需按合同约定或行业惯例及时返还剩余部分，避免构成不当得利。
     关键点：程序瑕疵可能导致扣减无效（如未通知直接兑付保函），甚至需赔偿承包方损失。

建议：发包方在扣减前应全面审查合同条款、保函文本及证据材料，必要时可委托律师出具法律意见书，确保扣减行为合法合规。若您有具体案例或合同文本需要分析，可直接向我咨询。