结论：在抵押物已经全部拍卖且本金已还清，但利息和违约金尚未还清的情况下，是否可以结案需视具体情况而定，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 从合同约定角度：

   • 如果抵押担保合同中明确约定了本金、利息和违约金的偿还顺序或条件，且拍卖抵押物所得款项在按照合同约定顺序偿还后，仅能覆盖本金而无法覆盖利息和违约金，那么在这种情况下，由于合同条款的约束，债权人仍有权要求债务人继续偿还剩余的利息和违约金。此时，案件不能仅因本金还清就结案。
   • 反之，如果合同中有特别约定，如“本金还清后，利息和违约金视为自动放弃”或类似条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么在本金还清后，债权人可能无权再要求债务人偿还利息和违约金，此时案件可以结案。但这种情况较为少见，且需要严格审查合同条款的合法性和有效性。

2. 从法律规定角度：

   • 根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释的规定，抵押权人在债务人不履行到期债务或者发生当事人约定的实现抵押权的情形时，有权就抵押财产优先受偿。这里的“优先受偿”包括本金、利息、违约金等债权。因此，在抵押物拍卖后，如果所得款项不足以清偿全部债务（包括本金、利息和违约金），债权人仍有权要求债务人继续偿还剩余部分。
   • 同时，法律也规定了债务人应当按照约定履行债务的义务。如果债务人未按照约定偿还利息和违约金，债权人有权依法追究其违约责任。因此，在本金还清但利息和违约金未还清的情况下，案件通常不能仅因本金还清就结案。

3. 从实际操作角度：

   • 在实际操作中，债权人可能会与债务人进行协商，就剩余利息和违约金的偿还达成新的协议或和解。如果双方能够达成一致意见，并签订书面协议明确剩余债务的偿还方式和期限等，那么案件可以在双方履行完新协议后结案。
   • 如果双方无法达成一致意见，债权人可能会选择通过法律途径继续追究债务人的责任。此时，案件将进入诉讼或仲裁程序，由法院或仲裁机构根据事实和法律作出裁决。在裁决生效后，如果债务人仍不履行义务，债权人可以申请强制执行。

建议：

• 对于债权人而言，应仔细审查抵押担保合同中的条款，明确本金、利息和违约金的偿还顺序和条件。同时，积极与债务人进行沟通协商，寻求妥善解决剩余债务的途径。
• 对于债务人而言，应认真履行合同义务，按照约定偿还本金、利息和违约金。如果确实存在困难无法按时偿还，应及时与债权人沟通并寻求解决方案，避免引发不必要的法律纠纷。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。