结论：被告履行完毕新签协议并不必然导致法院驳回原告基于解除协议条款的起诉请求，具体结果需结合协议内容、履行情况及法律关系综合判断。以下从不同角度展开分析：

一、协议效力与履行情况对诉讼的影响

1. 新签协议与原解除条款的关联性
   若新签协议系对原合同解除后双方权利义务的重新约定（如赔偿、后续合作等），且原告起诉依据的解除条款与新协议内容无直接冲突，则被告履行新协议不影响法院对原解除条款合法性的审查。例如：原合同因违约解除，新协议约定违约方支付赔偿金，原告仍可主张解除合同的有效性并要求确认赔偿条款。

2. 新协议履行完毕的法律后果
   若新签协议明确替代原合同（如约定“本协议生效后，原合同自动终止”），且被告已完全履行新协议义务，法院可能认定双方已通过新协议解决争议，从而驳回原告基于原解除条款的诉求。但需满足两个条件：

   • 新协议系双方真实意思表示，无欺诈、胁迫等情形；
     
   • 新协议履行完毕且无争议（如赔偿款已支付、义务已履行）。

二、原告起诉请求的具体内容决定结果

1. 若原告主张“确认合同解除有效”
   法院需审查解除条件是否成就（如是否符合法定或约定解除情形）。即使被告履行新协议，若原解除条件合法成立，法院仍可能支持原告请求，但会同时认定新协议对后续权利义务的安排。

2. 若原告主张“赔偿损失”或“继续履行”

   • 若新协议已对损失赔偿或履行方式作出约定，且被告已履行，法院可能驳回原告重复主张；
     
   • 若新协议未涵盖原告诉求（如未约定违约金），或被告履行存在瑕疵（如部分未履行），法院可能支持原告部分请求。

三、被告的抗辩策略与证据要求

1. 抗辩方向
   被告可主张：

   • 新协议已替代原合同，原告无权依据原解除条款起诉；
     
   • 新协议履行完毕，双方争议已解决。

2. 关键证据

   • 新签协议文本（需明确约定替代原合同）；
     
   • 履行凭证（如付款记录、交付单据）；
     
   • 双方沟通记录（证明对原解除条款无异议）。

四、实务中的风险提示

1. 协议条款的严谨性
   新协议应明确约定与原合同的关系（如“替代”或“补充”），避免模糊表述导致争议。例如：若仅写“双方另行协商”，可能被认定为未完全替代原合同。

2. 履行完毕的证明标准
   被告需提供充分证据证明新协议已完全履行（如第三方验收报告、原告确认函）。若仅部分履行，法院可能支持原告剩余诉求。

建议：被告应立即整理新协议文本、履行凭证及沟通记录，评估新协议是否明确替代原合同且已无争议履行。若条件满足，可在答辩中主张“争议已解决”；若存在瑕疵，需提前准备补救措施（如补充履行或协商和解）。具体方案可进一步向我提供协议细节后分析。