结论：员工是否因店铺两天未营业而失去全勤奖，需依据劳动合同、公司规章制度或相关约定来判断，不能一概而论。
分析说明：
劳动合同与规章制度：
- 劳动合同：首先，应查看劳动合同中是否有关于全勤奖的具体规定。如果合同中明确规定了全勤的定义、条件以及未全勤的后果，那么应依据合同执行。
- 公司规章制度：其次，公司规章制度也是判断的重要依据。如果公司规章制度中明确规定了全勤的条件，包括因公司原因导致的停工是否影响全勤等，那么应遵循这些规定。
全勤的定义与条件：
- 全勤通常指的是员工在一个月内无迟到、早退、旷工等违反公司规定的行为，且按照公司要求完成了所有工作任务。如果店铺因非员工原因（如公司经营决策、设备故障等）停业两天，导致员工无法上班，这通常不应被视为员工违反公司规定或未完成工作任务。
- 如果公司规章制度或劳动合同中未明确规定因公司原因导致的停工是否影响全勤，那么从公平合理的角度出发，不应因公司原因导致的停工而剥夺员工的全勤奖。
可能的法律后果：
- 如果公司未经员工同意，单方面决定因店铺停业两天而扣除员工的全勤奖，且这一决定违反了劳动合同或公司规章制度，那么员工有权向公司提出异议，并要求公司补发全勤奖。
- 如果公司拒绝补发，员工可以向当地劳动监察部门投诉，或者通过劳动仲裁、诉讼等法律途径维护自己的合法权益。
建议：
- 员工：首先，应查看自己的劳动合同和公司规章制度，了解全勤的定义和条件。如果认为公司扣除全勤奖的决定不合理，可以与公司进行沟通协商，要求公司补发。如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
- 公司：在制定公司规章制度和劳动合同时，应明确全勤的定义和条件，以及因公司原因导致的停工是否影响全勤等。在执行过程中，应遵循公平合理的原则，避免因公司原因导致的停工而剥夺员工的全勤奖。
特殊场景：
- 如果店铺停业两天是因为不可抗力因素（如自然灾害、政府命令等），且公司规章制度或劳动合同中未对此类情况作出明确规定，那么从公平合理的角度出发，公司不应因此扣除员工的全勤奖。
行动指南：
- 如果你作为员工遇到此类问题，建议先与公司沟通协商，了解公司扣除全勤奖的具体原因和依据。如果认为公司决定不合理，可以收集相关证据（如劳动合同、公司规章制度、停工通知等），向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
- 如果你作为公司管理者，建议重新审视公司规章制度和劳动合同中关于全勤的规定，确保规定公平合理且符合法律法规要求。在执行过程中，应遵循规定并保持与员工的良好沟通。
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