农村信用社负责人犯罪是否按国企职工处理，需分情况讨论，不能一概而论，具体如下：

1. 农村信用社的性质决定处理方式
   农村信用社的产权结构和法律地位是判断的关键。根据《商业银行法》及《农村信用社管理规定》，农村信用社属于集体所有制合作金融组织，由社员入股组成，实行民主管理，主要为社员提供金融服务。其性质与国有企业（如国有银行、国有控股公司）有本质区别——国企由国家出资或控股，而信用社的产权归社员集体所有。因此，若信用社未被改制为国有控股或参股企业，其负责人犯罪通常不按国企职工处理。

2. 特殊情形：信用社改制或国有参股
   若农村信用社通过改制成为农村商业银行，且国有资本参股（如地方政府通过财政资金入股），此时需区分情况：

   • 若负责人由国有股东委派或任命（如地方政府派驻的董事、高管），且其职责涉及国有资产监管或公共利益，可能被认定为《刑法》中的“国家工作人员”，犯罪时按贪污罪、受贿罪等职务犯罪处理（参照《刑法》第93条关于“国家工作人员”的界定）。
     
   • 若负责人仅由信用社内部选举产生，未受国有单位委托管理国有资产，则仍按非国家工作人员职务犯罪处理（如职务侵占罪、非国家工作人员受贿罪）。

3. 法律适用的核心标准
   判断是否按国企职工处理，核心在于主体身份和职责性质：

   • 国企职工：需满足“在国家出资企业中从事公务”（如经理、财务负责人等），且代表国家对国有资产进行管理（参考《最高人民法院、最高人民检察院关于办理国家出资企业中职务犯罪案件具体应用法律若干问题的意见》）。
     
   • 信用社负责人：若未受国有单位委托管理国有资产，或未行使公共管理职能（如贷款审批、资金调度等），则不属于“国家工作人员”，犯罪时适用普通刑法条款。

总结建议：
农村信用社负责人犯罪的处理方式，需结合信用社的产权结构、负责人任命方式及职责范围综合判断。若涉及国有资产监管或公共利益，可能按国企职工处理；否则按普通职务犯罪处理。具体案件需结合证据（如任命文件、股权结构、职责说明等）分析，建议提供更多细节进一步评估。