合同只有公司一份，员工没有留存一份，合同仍然是生效的。不过，这种情况可能会给员工带来一些潜在的风险和不便，下面我从几个角度详细分析一下：

1. 合同生效的基本条件：

   • 合同的生效并不取决于合同文本的份数或者谁持有合同文本。只要合同是双方真实意思的表示，内容合法，且双方已经签字或盖章，合同就具有法律效力。因此，即使员工没有留存合同文本，也不影响合同的生效。

2. 员工未留存合同的风险：

   • 举证困难：在合同纠纷发生时，合同是证明双方权利义务关系的重要证据。如果员工没有留存合同文本，可能会在举证时面临困难，难以证明自己的权益。
   • 信息不对称：公司可能持有合同文本，对合同内容有更全面的了解。而员工如果没有留存合同，可能在某些条款上存在信息不对称，导致自己的权益受损。

3. 应对措施与建议：

   • 及时索要合同：员工在签订合同时，有权要求公司给自己一份合同文本留存。如果公司拒绝提供，员工可以向公司提出书面申请，要求公司出具合同副本或复印件。
   • 保留相关证据：即使没有合同文本，员工也可以尽量保留与合同相关的其他证据，如工作证、工资条、考勤记录等，这些证据可以在一定程度上证明员工与公司的劳动关系和合同内容。
   • 咨询专业律师：如果员工对合同内容有疑问或担心自己的权益受损，可以及时咨询专业律师，了解自己的法律权益和可能的维权途径。

4. 特殊情况下的合同效力：

   • 如果合同中存在违法条款或者双方意思表示不真实的情况，即使员工留存了合同文本，合同也可能被认定为无效或可撤销。因此，合同的效力并不仅仅取决于合同文本的留存情况。

总结来说，合同只有公司一份并不影响合同的生效，但员工未留存合同可能会面临举证困难和信息不对称的风险。因此，我建议员工在签订合同时尽量要求公司给自己一份合同文本留存，并在日常工作中保留与合同相关的其他证据。如果遇到法律问题或纠纷，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。