结论：招商协议中未约定营收税收代付租金，并不直接决定其合法性，关键在于协议内容是否违反法律法规的强制性规定，以及双方是否在平等、自愿的基础上达成协议。
分析说明：
合同自由原则：
- 在民事法律关系中，合同自由是一项基本原则。这意味着双方当事人有权在法律允许的范围内自由约定合同的内容，包括租金的支付方式、时间等。
- 因此，如果招商协议中未约定营收税收代付租金，但双方对此均无异议，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么这样的约定是合法的。
税收代付的合法性：
- 税收代付通常指的是一方（如承租方）代替另一方（如出租方）支付应缴纳的税款。这种安排在法律上并不被禁止，但需要明确约定在合同中，并确保符合税收法律法规的规定。
- 如果招商协议中未明确约定税收代付，但双方在实际履行过程中形成了这样的惯例，且没有违反税收法律法规，那么这种实践也可能被视为合法。然而，为了避免未来的纠纷，最好还是在合同中明确约定。
潜在的法律风险：
- 如果招商协议中未约定营收税收代付租金，且双方对此存在争议，那么可能会引发法律纠纷。在这种情况下，法院或仲裁机构将根据合同的具体内容、双方的交易习惯以及相关法律法规来作出裁决。
- 此外，如果税收代付的安排违反了税收法律法规的规定，如未按时足额缴纳税款，那么相关方可能会面临税务处罚等法律风险。
法律建议：
- 明确约定：为了避免未来的纠纷和法律风险，建议在招商协议中明确约定租金的支付方式、时间以及是否包含税收代付等条款。
- 遵守法律法规：在约定税收代付等条款时，务必确保符合税收法律法规的规定，避免违反强制性规定而引发法律风险。
- 咨询专业人士：如果对税收代付等条款的合法性存在疑问，建议咨询专业的税务律师或会计师，以确保合同的合法性和有效性。
后续行动：
- 如果您已经签订了这样的招商协议，但对其中的税收代付等条款存在疑问或担忧，可以与我进一步沟通，我将根据您的具体情况提供针对性的法律建议。
- 如果您正在准备签订招商协议，建议在协议中明确约定相关条款，并确保符合法律法规的规定。如有需要，我也可以协助您起草或审查合同。