在刑事职务案件中，如果被告人选择不认罪认罚，法院会依据一系列严谨的原则和程序来处理，确保判决的公正性和合法性。以下是对这一问题的详细解答：
一、判决依据
以事实为依据：
- 法院在审理案件时，首要任务是全面、客观地查明案件事实。这包括仔细审查控辩双方提供的所有证据，如物证、书证、证人证言、被告人供述等，并判断这些证据的真实性、合法性和关联性。
- 通过证据的审查和分析，法院会确定被告人是否实施了犯罪行为，以及犯罪的具体情节，如时间、地点、手段、后果等。
以法律为准绳：
- 在查明案件事实的基础上，法院将严格依据相关法律条款对被告人进行定罪量刑。法律是判决的唯一准则，法院必须确保判决结果符合法律的规定和精神。
- 法院会考虑犯罪的性质、情节、社会危害程度以及被告人的主观恶性等因素，依法判处相应的刑罚，如有期徒刑、无期徒刑、罚金等。
二、可能面临的后果
若证据确实充分：
- 如果经过法庭审理，控方提供的证据确实、充分，能够形成完整的证据链，足以证明被告人实施了犯罪行为，那么法院将依法对被告人作出有罪判决。
- 在量刑时，法院会综合考虑各种因素，如犯罪的严重性、被告人的认罪态度、是否有悔罪表现等，依法判处相应的刑罚。由于被告人不认罪认罚，他可能无法享受认罪认罚从宽制度带来的优惠。
若证据不足或存在疑问：
- 如果控方提供的证据不足以证明被告人实施了犯罪行为，或者证据之间存在矛盾、无法排除合理怀疑，那么法院将依法作出无罪判决。
- 在这种情况下，被告人将被宣告无罪，并立即释放（如果之前被羁押的话）。这是法律对被告人权益的重要保障，确保无辜者不受刑事追究。
对认罪认罚从宽制度的影响：
- 认罪认罚从宽制度是我国刑事诉讼中的一项重要制度，它鼓励被告人自愿如实供述自己的罪行，对指控的犯罪事实没有异议，并同意检察机关的量刑建议。
- 如果被告人选择不认罪不认罚，那么他将无法享受这一制度带来的从宽处理优惠。然而，这并不意味着他一定会受到更严厉的刑罚。最终的判决结果仍然取决于案件事实和法律规定，法院会依法公正地作出裁决。
三、总结与建议
在刑事职务案件中，被告人不认罪认罚并不会直接影响法院的判决结果。法院会依据案件事实和法律规定来作出公正、合法的裁决。因此，建议被告人在面对刑事指控时，应理性对待，积极配合法院的审理工作，如实陈述事实，以便法院能够更准确地查明案件事实，作出公正的判决。同时，被告人也有权委托律师进行辩护，以维护自己的合法权益。