结论前置：违章建筑和违法占地建房在行政处理上不受诉讼时效的直接限制，行政机关有权随时进行查处；但在涉及行政诉讼或民事诉讼时，必须遵守相应的时效规定。
一、行政处理中的时效问题
行政处罚的时效性：
- 对于违章建筑和违法占地建房，由于其违法状态持续存在，行政机关原则上有权在任何时候进行处罚，不受一般行政处罚二年或五年时效的限制。这意味着，只要违建或违法占地建房存在且未得到合法化处理，行政机关都有权力也有责任进行查处和纠正。
- 这一原则是基于违章建筑和违法占地建房本质上的违法性，它们不会因为时间的流逝而自动变为合法。
行政复议与行政诉讼的时效：
- 行政复议：如果您认为行政机关的具体行政行为（如行政处罚）侵犯了您的合法权益，您可以在知道该行为之日起六十日内提出行政复议申请，除非法律另有更长时效的规定。
- 行政诉讼：如果您对行政机关作出的具体行政行为不服，并希望提起诉讼，您应在知道或应当知道该行为之日起六个月内向人民法院提出。特别地，因不动产（包括违章建筑）提起的诉讼，自行政行为作出之日起超过二十年将不被受理；其他案件则为五年。
二、民事诉讼中的时效问题
- 在与违章建筑和违法占地建房相关的民事诉讼中，如相邻关系纠纷导致的通风、采光等权益受损，适用《民法典》中关于诉讼时效的一般规定。
- 具体而言，权利人向人民法院请求保护其民事权利的诉讼时效期间为三年，自知道或应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。但自权利受损之日起超过二十年的，人民法院将不予保护，除非有特殊情况可申请延长。
三、综合建议与法律后果
- 综合建议：在处理违章建筑和违法占地建房相关法律事务时，应综合考虑行政处理的特殊性与诉讼程序的时效性。如果您是违建或违法占地建房的所有者，建议您尽快与相关部门沟通，了解合法化处理的可能性，以避免可能的法律风险和损失。如果您是受到违建或违法占地建房影响的相邻方，您应及时了解自己的权益，并在诉讼时效内采取行动，以保护自己的合法权益。
- 法律后果：如果您未在规定的时效内提起行政复议、行政诉讼或民事诉讼，您可能会失去通过法律途径维护自己权益的机会。因此，及时了解并遵守相关时效规定至关重要。
如果您在处理违章建筑和违法占地建房相关法律事务时有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。