核心结论：

1. 公司直接扣除三分之一工资作为未办离职的处罚，通常是违法的。
2. 具体是否违法，还需结合劳动合同、公司规章制度以及实际损失情况综合判断。

法律分析：

首先，根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位不得随意扣除劳动者的工资。工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，用人单位应当按时足额支付。如果用人单位想要扣除劳动者的工资，必须符合法律规定的情形，如劳动者给用人单位造成经济损失，且用人单位能够证明该损失与劳动者的行为有直接因果关系，同时扣除的工资数额不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。

其次，关于离职手续，虽然劳动者有义务按照公司规定办理离职手续，但公司不能因此随意扣除工资。如果劳动者未办理离职手续给公司造成了实际损失，公司应当通过合法途径主张赔偿，而不是直接扣除工资。公司可以要求劳动者赔偿因未办理离职手续而导致的直接经济损失，但需要提供充分的证据证明损失的存在以及损失与劳动者未办理离职手续之间的因果关系。

可能的情况与建议：

1. 如果公司规章制度中有明确规定：

   • 如果公司的规章制度中明确规定了未办理离职手续将扣除一定比例的工资，并且该规章制度已经经过民主程序制定、公示且不违反法律法规的强制性规定，那么公司可能在一定程度上有依据扣除工资。但即便如此，扣除的比例也不得超过法定限制，即不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。

2. 如果公司规章制度中没有明确规定或规定违法：

   • 如果公司的规章制度中没有相关规定，或者相关规定违反了法律法规的强制性规定，那么公司直接扣除工资的行为就是违法的。劳动者有权要求公司补发被扣除的工资，并可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

3. 建议劳动者采取的措施：

   • 与公司协商：首先尝试与公司协商解决，要求公司补发被扣除的工资。
   • 收集证据：如果协商无果，收集相关证据，如工资条、劳动合同、公司规章制度、未办理离职手续的证明等。
   • 投诉或申请仲裁：向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

律师观点：

作为专业律师，我认为公司直接扣除劳动者三分之一工资作为未办离职的处罚，通常是违法的。公司应当通过合法途径主张因劳动者未办理离职手续而造成的损失，而不是直接扣除工资。劳动者在遇到此类情况时，应当积极维护自己的合法权益，必要时寻求法律帮助。

后续行动建议：

如果您遇到了公司直接扣除工资作为未办离职处罚的情况，建议您先与公司协商解决。如果协商无果，您可以收集相关证据，向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。如果您需要进一步的法律帮助或咨询，请随时向我提问，我会为您提供专业的法律意见和支持。