停薪留职期间，劳动者与用人单位之间的劳动关系依然存在，只是处于中止履行的状态。以下是对这一结论的详细解释和分析：
一、劳动合同与书面协议的角度
劳动合同的存在与效力：
- 停薪留职通常是劳动者与用人单位通过签订协议的方式约定的，劳动者在一定期限内离开工作岗位，但保留其员工身份。此期间，双方并没有解除劳动合同的合意，劳动合同并未实质性终止或解除。因此，从劳动合同的角度来看，劳动关系得以维持。
书面协议的明确约定：
- 停薪留职协议中若明确规定在停薪留职期间保留劳动关系，则该书面约定具有法律效力，可认定双方仍存在劳动关系。例如，协议中可能明确提及“停薪留职期间，甲方（单位）与乙方（职工）劳动关系存续”。
二、权益与义务的角度
用人单位的义务：
- 虽然劳动者在停薪留职期间不领取工资，但用人单位仍需为其保留人事档案，这是劳动关系存在的一个重要标志。同时，用人单位还需按照规定为劳动者缴纳社会保险等法定义务，这进一步证明了劳动关系的存在。
劳动者的权益：
- 劳动者在停薪留职期间仍享有如医疗期待遇等基于劳动关系产生的权益。这些权益的存在也反证了劳动关系的持续性。
三、法律规定的角度
《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第七条和第十条，用人单位自用工之日起即与劳动者建立劳动关系，并应订立书面劳动合同。停薪留职并不影响劳动合同的效力，双方仍需遵守合同中的各项条款。
《工伤保险条例》的特殊规定：
- 如果劳动者因工作遭受事故伤害或患职业病需要暂停工作接受工伤医疗，此期间的停薪留职可视为劳动关系的中止，而非终止。根据《工伤保险条例》第三十三条，工伤职工在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。这进一步证明了劳动关系在停薪留职期间的持续性。
四、实际履行情况的角度
- 停薪留职期满后，劳动者应返回原单位复职。如果原单位无法安排工作或已撤销，应按照相关规定进行处理，可能涉及劳动合同的变更或解除。但在此之前，劳动关系仍然存在。
五、特殊情况下的考量
- 如果停薪留职协议中有明确约定双方劳动关系终止的条款，或者存在其他符合法定劳动关系终止的情形（如劳动者达到退休年龄、用人单位依法解散等），那么劳动关系可能会终止。但这种情况需要具体分析协议内容和相关法律法规来综合判断。
实例分析
以员工小李为例，他与公司签订了为期三年的劳动合同，工作一年后因个人原因申请停薪留职两年，公司同意并签订了停薪留职协议。在这两年期间，虽然小李没有工资收入，但公司依然为其缴纳社保，保留其人事档案。根据以上分析，小李与公司的劳动关系在停薪留职期间是持续存在的。
总结与建议：
停薪留职期间，劳动关系依然存在，但处于中止履行的状态。双方需继续遵守劳动合同中的相关条款和约定。在处理停薪留职相关事宜时，应充分考虑法律法规的规定和双方的实际情况，以确保劳动关系的合法性和稳定性。如果您在停薪留职期间遇到任何法律问题或纠纷，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议和帮助。