员工在一定条件下是可以拒绝综合工时制的。以下是对这一问题的详细分析：
一、综合工时制的定义与适用
综合工时制，即综合计算工时工作制，是指用人单位因工作情况特殊或受季节和自然条件限制，需安排职工连续作业，无法实行标准工时制度，而采用以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的一种工时制度。它主要适用于交通、铁路、邮电、水运、航空、渔业等行业，以及地质及资源勘探、建筑、制盐、制糖、旅游等受季节和自然条件限制的行业的部分职工。
二、员工拒绝综合工时制的权利
协商一致原则：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位实行综合工时制，需要与工会和劳动者协商一致，并报劳动行政部门批准。这意味着，如果员工不同意实行综合工时制，用人单位不能单方面强制实施。
员工个人意愿：
- 员工有权根据自己的实际情况和意愿，选择是否接受综合工时制。如果员工认为综合工时制不符合自己的工作习惯或生活需求，可以明确表示拒绝。
三、员工拒绝综合工时制后的处理
继续适用标准工时制：
- 如果员工拒绝综合工时制，且双方无法就其他工时制度达成一致，那么员工将继续适用标准工时制，即每日工作时间不超过8小时，平均每周工作时间不超过44小时。
协商变更劳动合同：
- 双方也可以就劳动合同中的工时制度条款进行协商变更，以适应双方的实际需求。如果协商成功，可以签订书面变更协议，明确新的工时制度。
法律后果：
- 如果用人单位未经员工同意，单方面实行综合工时制，员工有权向劳动行政部门投诉，并要求用人单位承担相应的法律责任。同时，员工也可以依法解除劳动合同，并要求用人单位支付经济补偿。
四、特殊情况下的考虑
- 在某些特殊情况下，如用人单位因生产经营需要，确实需要实行综合工时制，且已经报劳动行政部门批准，但员工仍然拒绝的，用人单位可能需要考虑调整工作岗位、提供必要的补偿或福利等措施，以尽量减少对员工的影响，并维护双方的劳动关系稳定。
建议：作为员工，在面对用人单位提出实行综合工时制的要求时，应充分了解自己的权利和义务，并根据自己的实际情况和意愿做出选择。如果对综合工时制有疑问或担忧，可以向用人单位提出咨询或协商，以寻求双方都能接受的解决方案。如果遇到用人单位未经同意单方面实行综合工时制的情况，应及时向劳动行政部门投诉，并寻求法律帮助。
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