针对股东利用职务之便侵占公司财产且数额巨大，已经生效民事判决确认的情况，公司可以采取以下措施来处理：

1. 执行生效判决：

   • 公司应首先依据已经生效的民事判决，向法院申请强制执行。法院将依法对侵占公司财产的股东采取执行措施，包括但不限于查封、扣押、冻结其财产，以及拍卖、变卖其财产以偿还公司损失。
   • 在执行过程中，公司应积极配合法院的工作，提供必要的证据和资料，确保执行程序的顺利进行。

2. 追究刑事责任：

   • 股东利用职务之便侵占公司财产，数额巨大的行为，不仅违反了民事法律，还可能构成刑事犯罪，如职务侵占罪。
   • 公司可以向公安机关报案，要求追究该股东的刑事责任。公安机关将依法进行侦查，如果证据充分，将移送检察机关审查起诉，最终由法院进行审判。
   • 追究刑事责任不仅可以对侵占者形成有力的震慑，还可以为公司挽回部分或全部损失（通过刑事附带民事诉讼或追缴赃款赃物等方式）。

3. 完善公司治理结构：

   • 公司应借此机会审视并完善自身的治理结构，特别是加强内部控制和监督机制，防止类似事件再次发生。
   • 可以考虑设立独立的内部审计部门或聘请外部审计机构定期对公司财务进行审计，确保公司财产的安全和完整。
   • 同时，加强对股东、董事、监事等高级管理人员的法律教育和培训，提高他们的法律意识和职业道德水平。

4. 寻求法律救济的其他途径：

   • 如果公司认为仅通过执行生效判决和追究刑事责任不足以完全弥补损失或防止类似事件再次发生，还可以考虑通过其他法律途径寻求救济。
   • 例如，公司可以依据《公司法》的相关规定，要求侵占者赔偿公司因此遭受的全部损失，包括直接损失和间接损失。
   • 如果侵占行为涉及其他股东或第三方，公司还可以考虑提起股东代表诉讼或第三人损害赔偿诉讼等。

5. 加强后续监管与预防：

   • 在处理完当前事件后，公司应持续加强对股东、董事、监事等高级管理人员的监管，确保他们遵守法律法规和公司章程的规定。
   • 可以建立定期的财务报告和审计制度，以及时发现和纠正可能存在的财务问题。
   • 同时，加强与股东、债权人等利益相关者的沟通和合作，共同维护公司的稳定和健康发展。

在处理此类事件时，公司应保持冷静和理性，依法依规进行操作。如果公司在处理过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。我将根据公司的具体情况和需求，提供专业、全面的法律服务。