仅凭“跟公司合作对方要求三个月结账”这一信息，无法直接判断该公司是否存在问题，需要结合更多背景信息和合同条款来综合分析。以下从不同角度为你详细分析：
一、从合同条款合法性角度
- 付款期限的合法性：在商业合作中，双方约定三个月的结账期限（付款期限），只要该约定不违反法律法规的强制性规定，就是合法有效的。例如，如果合同内容不涉及违法活动，且双方均具有相应的民事行为能力，意思表示真实，那么这样的付款期限约定是受法律保护的。
- 行业惯例与交易习惯：在某些行业，三个月的结账期限可能是常见的交易习惯。如果该行业普遍采用这样的付款周期，且双方在合同中明确约定，那么这样的安排通常是合理的。
二、从公司信誉与履约能力角度
- 公司信誉：如果对方公司是一家信誉良好、经营稳定的企业，那么其提出的三个月结账期限可能只是其正常的财务流程安排，并不必然意味着存在问题。你可以通过查询企业信用信息公示系统、了解行业口碑等方式来评估对方公司的信誉。
- 履约能力：除了信誉外，对方公司的履约能力也是需要考虑的重要因素。如果对方公司财务状况良好，有足够的资金流来支持这样的付款周期，那么其提出的三个月结账期限可能是可行的。反之，如果对方公司财务状况不佳，存在拖欠货款的风险，那么这样的付款期限就可能存在问题。
三、从风险防范角度
- 合同条款细化：为了降低风险，你可以在合同中细化付款条款，如明确付款的具体时间节点、付款方式、逾期付款的违约责任等。这样，即使对方公司出现违约情况，你也可以依据合同条款来维护自己的权益。
- 担保措施：如果对方公司的信誉或履约能力存在疑虑，你可以要求对方提供担保措施，如提供保证金、第三方担保等。这样可以在一定程度上降低你的风险。
四、可能存在的问题与风险
- 资金周转风险：对于你而言，三个月的结账期限可能意味着较长的资金回笼周期。如果你的资金链较为紧张，这样的付款期限可能会对你的经营产生不利影响。
- 违约风险：如果对方公司出现经营困难、财务危机等情况，可能导致无法按时付款。虽然你可以依据合同条款来追究对方的违约责任，但实际执行过程中可能面临诸多困难。
建议：
- 在签订合同前，对对方公司的信誉、履约能力等进行充分调查和评估。
- 在合同中细化付款条款，明确双方的权利和义务。
- 考虑要求对方提供担保措施，以降低风险。
- 在合作过程中，保持与对方公司的良好沟通，及时了解对方的经营状况和财务状况。
如果你在合同签订或履行过程中遇到任何法律问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议。